5 декабря 2003, накануне парламентских выборов вновь была взорвана электричка Минеральные Воды — Кисловодск, 44 погибших, десятки раненных. 8 декабря, на следующий день после выборов, террористка-смертница, направлявшаяся с "поясом шахида" в Государственную Думу, взорвалась у гостиницы "Националь" (шестеро погибших, раненые).
6 февраля 2004 в час пик был взорван вагон в московском метро, погибло около 40 человек, более 100 — тяжело ранены.
В конце августа 2004 г. в России было совершено несколько терактов: взрыв автобусной остановки на Каширском шоссе в Москве, взрывы двух пассажирских самолетов, взрыв у метро "Рижская".
1 сентября 2004 группа террористов захватила школу в североосетинском городе Беслане, взяв в заложники около 1000 человек, в том числе множество детей. 3 сентября 2004 г., во время операции по освобождению заложников, погибло более 300 человек, среди них более 100 детей.
Вместе с ростом числа жертв терактов росло и число обезвреженных террористов в докладах Патрушева. 5 октября 2004 он заявил в интервью НТВ, что в 2004 году российские спецслужбы предотвратили в общей сложности более 500 терактов. По его словам, около 200 из них "имели бы серьезный резонанс в обществе". 12 мая 2005, выступая в Госдуме, сказал, что ФСБ арестовала организаторов и исполнителей террористических актов в метро, у станции "Рижская", в электропоездах в Минеральных Водах, на остановках общественного транспорта в Воронеже и Краснодаре. Утром 10 июля доложил президенту В. Путину о ликвидации Шамиля Басаева (который, согласно альтернативной версии, подорвался сам вместе с КАМАЗом, на котором вез взрывчатку к месту теракта в Назрани). 20 июля Патрушев получил за это орден "За заслуги перед Отечеством" I степени. Он отрапортовал при этом: "Та война, которая была нам объявлена не только террористами, лидерами бандформирований, но и теми, кто поддерживал, финансировал, давал возможность лечиться (боевикам), она нами практически выиграна". Всего через два года спустя 29 марта 2010 в московском метро произошло два взрыва. Погибло более 40 человек. Меньше чем через год последовал взрыв в аэропорту Домодедово. Погибло еще 40 человек и более 130 были ранены.
Быть может, Патрушев бы и поставил новый рекорд бессменного пребывания на посту директора ФСБ, если бы не один его скандальный "прокол". 8 апреля 2008 г. на заседании Национального антитеррористического комитета (НАК) Патрушев сообщил, что бандиты и их сообщники в Южном федеральном округе, прилагают усилия по идеологической обработке молодежи и пополнению своих рядов" пользуются поддержкой не только "эмиссаров зарубежных террористических и религиозно-экстремистских организаций". Информационную поддержку террористам "в немалой степени оказывают отдельные иностранные неправительственные организации". (См. "Коммерсант", 09.04 2008
), заявил шеф ФСБ. Его выступление многие восприняли, как попытку дискредитировать иностранные НКО, работающие в России. Так, российский представитель Human Rights Watch Александр Петров потребовал от главы ФСБ доказательств причастности НКО к террористическим действиям. А директор российского отделения Всемирного фонда дикой природы назвал речь Патрушева "безответственной". ("Коммерсант", там же.). Скандал этот случился уже при новом президенте, и 12 мая 2008 Дмитрий Медведев назначил Патрушева секретарем Совета безопасности, освободив его от должности директора ФСБ.Конечно, не только этот "прокол" заставил Медведева убрать Патрушева со столь ответственного поста. Дело в том, что его многочисленные провалы, никак не влияли на его стремление, совсем не подходящее директору спецслужбы, светиться в лучах юпитеров славы. В августе 2003 г. в ходе учений ФСБ по "локализации террористических проявлений в условиях плоскогорья" Н. Патрушев неожиданно совершил в составе группы спецназа подъем на вершину Эльбруса на высоту 5642 метра, что и показали по всем телеканалам. 7 января 2007 года вместе с Артуром Чилингаровым и своим братом он посетил Антарктиду и Южный полюс на вертолетах. Это тоже прогремело во всех теленовостях. Потом президент Путин наградил его брата В. Патрушева Орденом Дружбы за эту экзотическую экспедицию. С ней были связаны и другие скандалы, о которых будет сказано далее. Раздражало Кремль и широко рекламируемое увлечение Патрушева волейбольным спортом.
23 октября 2009 президент Медведев заявил, что дал поручение заменить в течение месяца возглавляющих российские спортивные федерации чиновников на "профессионалов, уделяющих своему виду спорта 24 часа в сутки": "Необходимо работать, — сказал он, — хватит штаны просиживать, проводить все время в командировках за границей. Чиновники пусть возглавляют попечительские советы федераций". Патрушев на этот момент уже был секретарем Совбеза, но все еще возглавлял Всероссийскую федерацию волейбола. В ноябре 2009 он ушел и с этого с поста.