12 мая 2006 г. его назначили руководителем ФТС России, где творилось нечто невообразимое – коррупцией было поражено все сверху донизу. Увы, Бельянинову не удалось с этим покончить. Таможня, как была рассадником коррупции и воровства, таковой осталась и при нем. По данным портала «Лайф», особо доверенным лицом Бельянинова был его заместитель, 39-летний генерал Андрей Струков. После окончания Академии ФСБ РФ до 2003 года Струков служил в органах госбезопасности. С 2003-го по 2006 год работал в Рособоронэкспорте, откуда его Бельянинов взял с собой в ФТС РФ. Именно в рабочем кабинете Струкова 26 июля 2016 года следователи СК РФ совместно с сотрудниками ФСБ РФ провели обыск. Оперативники искали документы, подтверждающие связь таможенного генерала с ранее задержанным в марте 2016 года руководителем компании «Форум» Дмитрием Михальченко, которого подозревали в контрабанде алкоголя. В тот же день обыскали кабинеты самого Андрея Бельянинова и его заместителя Руслана Давыдова. 26 июля 2016 г. в рабочем кабинете и по месту жительства Андрея Бельянинова прошли обыски по уголовному делу о незаконном перемещении через границу Таможенного союза партий элитного алкоголя в крупном размере и неуплате обязательных таможенных пошлин. У него изъяли около 10 миллионов рублей, 400 тысяч долларов и 300 тысяч евро (это все ему и вернули после намека Путина). Бельянинов сразу же после того обыска и написал заявление об отставке «по собственному желанию».
Он не скрывал, что первым делом займется в ФТС кадрами, «укреплением дисциплины» в таможенных органах и отправит в отставку генералов, входивших в так называемый ближний круг Андрея Бельянинова (данные о кадровых сотрудниках спецслужб в госвласти РФ приведены по «Коммерсантъ-Власть», 23.12.2002, сайтам Compromat.ru, Anticompromat. Ru, Chekist. Ru, life.ru и сообщениям информагентств).
Я поставил здесь точку в списке выходцев с Лубянки, управляющих Государством Российским. Он гораздо обширнее. Издательский дом «Коммерсант» выпустил специальный справочник «КГБ во власти и бизнесе» (см. «Коммерсант-Власть», 23.12.2002). Он насчитывает 90 человек в политике и 60 в бизнесе. Но это только вершина айсберга. И в России, и за рубежом не перестают удивляться, почему их так много. Кто-то из них тщательно скрывает свою чекистскую биографию, другие, как банкир Лебедев, служивший в резидентуре КГБ в Лондоне, наоборот, всячески ее рекламируют. Согласно исследованию Института социологии Российской академии наук, четверть «элиты» в российском правительстве – это ветераны служб безопасности: они занимают около 2 тыс. влиятельных правительственных и промышленных постов. Такие сведения были представлены в 2003 г. (см. «Ленинградская правда», 11.11.2003). В списке РАН, однако, не были учтены кадры КГБ в провинции. Да и с тех пор число этих генералов и офицеров в целом по стране выросло на порядок. Хорошо это или плохо? Еще более остро поставил этот вопрос в интервью с тогдашним директором ФСБ Патрушевым корреспондент «Комсомольской правды»:
«Надо ли бояться чекистов во власти? Приход в высшие эшелоны власти людей, начинавших свой путь в спецслужбах, порождает разные разговоры – вплоть до категорических заявлений об “угрозе демократии”»…
Вот что ответил Патрушев: