На присутствовавших в зале судебного заседания произвело сильное впечатление следующее заявление Атакишиева о «террористических актах» в отношении Багирова. Он сказал: «С Багировым носились как с каким-нибудь идолом, всячески оберегали его. Если он где-нибудь должен был выступать, то предварительно это место проверялось минёрами — искали мины. Поэтому, когда бывший народный комиссар земледелия республики Везиров говорил, что он готовил террористический акт в отношении Багирова, то я обязан был верить ему». Атакишиев также заявил: «Из здания АзНКВД не выходило ни одного дела, где бы не было указания о теракте в отношении Багирова». И далее: «Всё несчастье заключается в том, что все мы гнулись перед Багировым в три дуги, все подхалимничали перед ним».
Вряд ли стоит особо комментировать эти заявления Атакишиева. Багирову было с кого брать пример, чтобы стать вождём республиканского масштаба, которому бы все поклонялись и всячески оберегали от врагов, якобы окружавших его.
Атакишиев подписал справку на арест Асцатура Андреевича Бабаяна и постановление об избрании в отношении него меры пресечения. Но, как уже отмечалось, материалы были собраны на Степана Бабаяна. Из показаний Атакишиева следовало, что он никаких мер к освобождению Асцатура Бабаяна не принимал, хотя и знал о допущенной ошибке.
В ходе судебного разбирательства было установлено, что Атакишиев принимал непосредственное участие в фальсификации дел на комсомольских работников Азербайджана. Как показал бывший секретарь Бакинского городского комитета комсомола Велиев, отбывший 15-летнее заключение по сфальсифицированному делу, Атакишиев во время допроса избил его, поскольку он отказывался давать ложные показания. Бил кулаками, ногами и несколько раз ударил резиновой, дубинкой. Бил до тех пор, пока Велиев не согласился дать требуемых от него показаний.
На реплику, что Атакишиев вместе с другими делал врагов Советского государства из руководящих работников комсомола Азербайджана, он заявил: «Я являлся работником системы, где делались эти враги». И ведь верно, по-иному сотрудник НКВД поступать не мог. Он должен был или беспрекословно выполнять установки, диктуемые сверху, или же оказаться на месте тех, в отношении которых велось следствие. Конечно, это ни в коей мере не оправдывает Атакишиева, поскольку порядочность и совесть человека не должны позволять ему делать что-либо несправедливое, бесчеловечное в любых, даже самых суровых условиях. Но это в том случае, если этот человек не заглушил в себе и порядочность, и совесть, данные ему от рождения. По сфальсифицированному «Шемахинскому делу» Атакишиев подписывал справки на арест колхозников, постановления об избрании меры пресечения в виде заключения под стражу. Многие из этих лиц затем были расстреляны.
Телеграмма об аресте председателя Исмаиллинского райисполкома Салмана Гусейнова и обвинительное заключение также были подписаны Атакишиевым. По решению тройки Гусейнов был расстрелян.
Атакишиев участвовал в фальсификации дел на секретарей райкомов партии С.С. Каспарова, В. Кеворкова, К.Д. Беляева, заместителя начальника Каспийского пароходства В.Ф. Кузовенко, председателя Куткашенского райисполкома Н. Гасанова, заместителя директора Куткашенской МТС по политической части Ф. Мамедова.
Один раз Атакишиев допрашивал арестованного в июне 1937 г. азербайджанского поэта Ахмеда Ахунзаде и один раз проводил по этому делу очную ставку. В октябре 1937 г. Ахунзаде был расстрелян по сфальсифицированному в отношении него делу.
Помимо указанного, Атакишиев имел непосредственное отношение к фальсификации и других дел. Он подписал постановление о заключении в тюрьму секретаря Бакинского городского комитета партии Кулькова и постановление о предъявлении ему обвинения. Атакишиев подписал постановление о предъявлении дополнительного обвинения И.И. Анашкину. Им же подписана справка на арест, постановление о заключении под стражу и постановление о предъявлении обвинения заместителю народного комиссара земледелия республики Е.Г. Гарину в совершении контрреволюционных преступлений. Он же утвердил обвинительное заключение по упоминавшемуся делу работников завода имени Будённого.
Атакишиев утвердил справку на арест И.А. Крылова, в которой указывалось, что Крылов, русский по национальности, является членом мусаватистской организации. Чтобы русского признать мусаватистом, необходимо было обладать невероятной фантазией или же совершенно не разбираться в очевидных вещах. Но надо было убеждать всех в том, что повсюду враги, которых следует разоблачать и уничтожать, а поэтому не стоило выяснять, мог ли вообще русский быть мусаватистом, то есть членом азербайджанской буржуазной националистической партии «Мусават» («Равенство»), социальной базой которой являлись различные слои азербайджанской буржуазии.