Активно действовала конвейерная система допроса арестованных, широко применялись стойки, когда арестованных заставляли в течение нескольких суток стоять, не разрешая им ни сесть, ни прислониться к чему-либо, добиваясь таким способом признания в преступлениях, которые арестованные никогда не совершали.
Свидетель Е.И. Князев (в 1948–1953 гг. начальник внутренней тюрьмы МГБ Грузии) подтвердил в суде, что арестованных в течение всей ночи держали на допросах, а в 6 часов утра, когда объявлялся подъём, их возвращали в камеры, но спать днём не разрешали. И так могло продолжаться в течение десяти суток.
Случалось, что во время обхода прокурором камер тюрьмы следователи забирали числившихся за ними арестованных к себе якобы на допрос. Это делалось для того, чтобы исключить для арестованных возможность сообщить прокурору о незаконных методах следствия, применявшихся в их отношении.
Начальник санитарной части внутренней тюрьмы МГБ Грузии Р.Я. Размадзе, состоявший в этой должности до 1953 г., в суде подтвердил показания бывшего начальника тюрьмы относительно издевательств над арестованными. Размадзе пояснил, что вследствие длительного стояния у арестованных развивалась отечность ног, и этих арестованных длительное время приходилось лечить, поскольку они не могли ни стоять, ни ходить.
Свидетели Князев и Размадзе рассказали и о том, что в то время, когда Рухадзе был министром государственной безопасности Грузии, арестованных продолжали избивать. Как показал Размадзе, его неоднократно вызывали для оказания медицинской помощи избитым арестованным, Князев подтвердил, что избивали и арестованных женщин, например, Веру Перадзе.
Рухадзе ввёл в практику задержания невиновных граждан и помещение их во внутреннюю тюрьму МГБ Грузии, где у задержанных буквально выбивали показания о якобы совершенных ими преступлениях, а уж потом «на законных основаниях» оформлялся арест этих лиц. Установлено, что с 1948 по 1951 гг. таким незаконным путём таким незаконным путём были задержаны и помещены в эту тюрьму 966 человек.
По указанию Рухадзе и под его руководством в 1948 г. было сфальсифицировано дело в отношении бывшего заместителя председателя Верховного суда Грузинской ССР, а перед арестом начальника пенсионного отдела Министерства социального обеспечения Грузии В.Г. Мамаладзе и двух его знакомых — И.К. Кереселидзе и Г.И. Мирианашвили, обвинённых в проведении антисоветской деятельности.
Основанием для возбуждения дела в отношении Мамаладзе явилось его письмо в ЦК ВКП/б/, в котором он попытался рассказать о творившихся в Грузии безобразиях, в том числе Рапавой и другим ставленником Берии — Шарией. Мамаладзе писал: «Крайне интересно, почему так загордились и выродились эти руководители Грузии? Потому, что они прикрылись тенью Берия, и они ничего не делают, кроме восхваления и обожествления его личности».
Рухадзе в суде пояснил, что это письмо доложили Берии. Берия, конечно же, отреагировал. Он не мог оставить без последствий столь нелестный отзыв в адрес его ставленников, который бросал тень и на его имя. Поэтому не мог не последовать арест Мамаладзе.
Дело фальсифицировалось обычным способом — с привлечением к этому секретного сотрудника МГБ Грузинской ССР М.М. Хухунашвили, который получил от Рухадзе задание обеспечить доказательства, которые бы подтверждали, что Мамаладзе создавал антисоветскую организацию — «Союз народной свободы». С этой целью Хухунашвили составил в квартире Рухадзе на его пишущей машинке «программу» этой организации. В суде Рухадзе подтвердил, что всё было именно так. Согласно этой программе, «Союз народной свободы» представлял собой повстанческую организацию. В донесении же от 10 марта 1948 г. Хухунашвили утверждал, что программу антисоветской организации составил Мамаладзе.
Здесь следует напомнить о деле «дашнаков», сфальсифицированном Рухадзе аналогичным способом.
Мамаладзе, Кереселидзе и Мирианашвили были арестованы и, как тогда водилось, подвергнуты избиениям. В ходе такого следствия Мамаладзе вынужден был признать, что он в 1948 г. вместе с Хухунашвили пытался создать антисоветскую повстанческую организацию, в которую вовлек несколько человек и пытался вовлечь ещё нескольких. Кереселидзе признал, что со слов Мамаладзе он знал о существовании антисоветской организации, в которую тот предлагал ему вступить, но он не согласился.
Мирианашвили, который в то время был персональным пенсионером, ни в чём не признал себя виновным.
Дело было рассмотрено Особым совещанием при МГБ СССР, постановлением которого от 19 ноября 1949 г. Мамаладзе «за попытку создания антисоветской организации» (ст. ст. 58–10, ч. 1 и 58–11 УК Грузинской ССР) был приговорён к лишению свободы на 10 лет, Кереселидзе «за недоносительство об антисоветской деятельности другого лица» — на 5 лет, а Мирианашвили «за антисоветские высказывания» — к лишению свободы в пределах срока предварительного заключения.