В суде была оглашена выдержка из заявления Халилова от 2 ноября 1939 года, в которой он указывал, что вместе с Мещеряковым (начальником следственной части АзНКВД) его избивал и заместитель наркома внутренних дел республики Борщев. Избивали резиновыми дубинками. Били до потери сознания. Затем на час сделали перерыв, а потом снова били. И это, по мнению Борщева, не было пыткой.
Дело Халилова и других неоднократно направлялось на дополнительное расследование, но Багиров с помощью Берии упорно добивался возвращения этого дела в суд. В конечном итоге названные выше лица были осуждены военным трибуналом Закавказского военного округа.
Не обойдены были вниманием Багирова и другие партийные работники. В 1937–1938 гг. были арестованы секретарь Бакинского городского комитета КП/б/ Азербайджана Н.О. Кульков, заведующий торговым отделом ЦК АКП/б/ A.M. Бренер, заместитель заведующего промышленным отделом ЦК АКП/б/ И.Х. Левкопуло, заместитель заведующего отделом партийных кадров ЦК АКП/б/ Р.-Р.Л. Квятковский, ряд других партийных работников: (В.Г. Лазарев, Миркадыров, М. Бренер, Черномазое, Большаков, Горявин, Секирин), обвинявшиеся в том, что они являлись участниками контрреволюционной, террористической, повстанческой организации, действовавшей в Баку и ставившей своей задачей свержение советской власти и реставрацию капитализма. Дело по их обвинению было рассмотрено 22–26 декабря 1939 г. военным трибуналом Закавказского военного округа.
Багиров допрашивал Кулькова в кабинете наркома внутренних дел Раева. Кульков заявил, что работники НКВД его били и принудили оговорить других лиц в совершении тяжких преступлений. Багиров, как он показал в суде, не принял никаких мер, чтобы «приостановить дело Кулькова» и признал, что с Кульковым он «поступил недостойно, плохо». Пояснил, что обстановка того времени не позволила разобраться с делом Кулькова. К этому следует добавить, что «обстановку того времени» он сам же активно и создавал.
Хотя Багиров и утверждал, что заявление Кулькова «разбудило его от сна и слепого доверия к аппарату НКВД АзССР», но это его утверждение не было искренним. Григорян, присутствовавший при допросе Кулькова, пояснил, что Багиров добивался от Кулькова признания в совершении тем контрреволюционного преступления.
Военный трибунал Закавказского военного округа под председательством В.К. Капустина, рассмотрев это дело, оправдал Миркадырова, М. Бренера, Черномазова, Большакова, Горявина и Секирина. А вот Кульков, А. Бренер, Левкопуло, Квятковский и Лазарев были признаны виновными в совершении тяжких государственных преступлений и приговорены к лишению свободы сроком на 10 лет каждый.
Допрошенный в судебном заседании свидетель Капустин показал, что Кульков и другие подсудимые отказались в суде от данных ими показаний, заявив об избиении их на предварительном следствии. Они подробно рассказали, какими варварскими способами добивались от них «признательных» показаний.
Перед вынесением приговора Багиров вызвал к себе Капустина, который доложил ему, что к вынесению обвинительного приговора в отношении Кулькова и других оснований не имеется. Багиров был крайне недоволен и заявил, что либерализм Капустина при рассмотрении дел «создал такие условия, что арестованные стали отказываться от своих показаний». Багиров утверждал, что сам участвовал в допросе Кулькова и других обвиняемых, которые признавались в совершении тяжких преступлений, поэтому сейчас им верить нельзя. «Багиров категорически потребовал осуждения лиц, арестованных по делу Кулькова», — показал Капустин. Когда же Багиров узнал о результатах рассмотрения этого дела, он добился того, чтобы Капустина убрали из Баку, и чтобы он больше не рассматривал дела на «врагов народа». Это желание Багирова было исполнено.
Результатами рассмотрения дела Кулькова и других был недоволен также и нарком внутренних дел Емельянов. Он позвонил коменданту и распорядился не выделять автомашину составу военного трибунала. Когда же члены суда пришли в гостиницу, то узнали, что их выселяют. Они вынуждены были уехать, не закончив оформление рассмотренных дел.