11 января 1991 года М.С. Горбачев подписал указ «Об утверждении общего положения о военно-политических органах». Фактически единая вертикаль «работы с умами людей» делилась на два «столба»: во главе одного становилось Главное военно-политическое управление Вооруженных Сил СССР, во главе второго – Всеармейский партийный комитет, на который замыкалась вся сеть партийных организаций армии и флота. Положением закреплялись задачи военно-политических органов, их руководителям давался статус первых заместителей (заместителей) главнокомандующих, командующих, командиров и начальников. Устанавливалось, что военно-политические органы несут ответственность за воспитание, воинскую дисциплину, морально-политическое и психологическое состояние личного состава. Они же должны были осуществлять социальную защиту военнослужащих, членов их семей. Идеологический аспект в деятельности военно-политических органов просматривался слабо: говорилось лишь о том, что они «формируют у военнослужащих верность конституционному долгу и социалистическому выбору, патриотизм и интернационализм, готовность к защите СССР». О взаимодействии с организациями КПСС в Вооруженных Силах не упоминалось, только указывалось, что они «взаимодействуют с организациями политических партий, массовых движений и других общественных объединений, действующих в соответствии с законодательством».
Решение о реструктуризации политорганов было принято президентом РФ 3 сентября 1990 года, когда он подписал указ «О реформировании политических органов Вооруженных Сил СССР, войск Комитета государственной безопасности СССР, внутренних войск Министерства внутренних дел СССР и железнодорожных войск». Указом предписывалось преобразовать их в соответствующие военно-политические органы проведения государственной политики в области обороны и безопасности СССР, воспитания и социальной защиты военнослужащих. Министерству обороны СССР и Главному политическому управлению Советской Армии и ВМФ, возглавляемому генерал-полковником Н.И. Шлягой, было предписано с участием КГБ и МВД СССР в трехмесячный срок разработать проект положения о военно-политических органах и представить его на утверждение.
Такое развитее событий стало неизбежным вследствие отмены статьи Конституции СССР о руководящей роли КПСС. Основной закон Союза ССР был принят в 1977 году, и его 6-я статья гласила: «Руководящей и направляющей силой советского общества, ядром его политической системы, государственных и общественных организаций является Коммунистическая партия Советского Союза. КПСС существует для народа и служит народу. Вооруженная марксистско-ленинским учением, Коммунистическая партия определяет генеральную перспективу развития общества, линию внутренней и внешней политики СССР, руководит великой созидательной деятельностью советского народа, придает планомерный научно обоснованный характер его борьбе за победу коммунизма. Все партийные организации действуют в рамках Конституции СССР».
Вопрос о 6-й статье впервые был поднят на I съезде народных депутатов в мае 1989 года. Тогда на съезде проявилось два течения в кругах сторонников перестройки – умеренное, возглавляемое генеральным секретарем ЦК КПСС М.С. Горбачевым, и радикальное, оформившееся в межрегиональную депутатскую группу (сопредседатели – Ю.Н. Афанасьев, Б.Н. Ельцин, В.А. Пальм, Г.Х. Попов и А.Д. Сахаров). Именно члены МДГ встали во главе противостоящих КПСС сил и выступили за уничтожение советской политической системы. 4 февраля 1990 года в Москве прошли массовые митинги, когда на улицы столицы вышло порядка двухсот тысяч человек с требованием отменить 6-ю статью Конституции СССР.
Уже на следующий день, 5 февраля, состоялся расширенный пленум ЦК КПСС, на котором М.С. Горбачев и его сторонники в Политбюро ЦК «продавили» решение о введении поста президента СССР и отмены 6-й статьи. А.А. Собчак так рассказал впоследствии об этом событии: «Практически все, выступавшие на том пленуме, негативно отнеслись к предложению генсека об отмене 6-й статьи. Более того – в самых резких тонах клеймили так называемых демократов, говорили о дискредитации партии и социализма и были настроены весьма решительно. А потом так же единодушно проголосовали за».
14 марта 1990 года был принят закон «Об учреждении поста Президента СССР и внесении изменений и дополнений в Конституцию СССР». 6-ю статью изложили в новой редакции: «Коммунистическая партия Советского Союза, другие политические партии, а также профсоюзные, молодежные, иные общественные организации и массовые движения через своих представителей, избранных в Советы народных депутатов, и в других формах участвуют в выработке политики Советского государства, в управлении государственными и общественными делами».