Как видим, директива НКГБ СССР от 3 марта 1944 г. не изменяла положений директивы № 494/94. Она лишь конкретизировала их применительно к ситуации, сложившейся в прибалтийских республиках. Однако когда после освобождения Прибалтики органы НКВД — НКГБ приступили к репрессиям против коллаборационистов, стало ясно, что работа им предстоит весьма масштабная. Возникли даже сомнения: следует ли в Прибалтике придерживаться директивы № 494/94 и не подвергать репрессиям рядовых коллаборационистов, не замешанных в преступлениях против мирных жителей и военнопленных. 5 октября 1944 г. начальник Управления контрразведки «Смерш» Ленинградского фронта генерал-лейтенант Быстров отправил в Москву докладную записку, в которой предлагал провести массовые репрессии против членов эстонской организации «Омакайтсе»:
«1941 год и последующее время со всей очевидностью показали исключительную враждебность организации «Омакайтсе» советскому строю. Наличие большого количества скрывающегося и в настоящее время актива этой организации на территории Эстонии, который лишь в силу сложившейся неблагоприятной для него обстановки временно прекратил свою организованную деятельность, но не отказался от нее и при наличии малейшей возможности, несомненно, явится реальной силой для вооруженных выпадов против Красной Армии и Советской власти.
На основании изложенного полагал бы необходимым проведение органами НКГБ и НКВД массового изъятия членов организации «Омакайтсе» путем ареста активной ее части и административной высылки остальных за пределы Эстонской ССР» [492].
Общая численность членов «Омакайтсе» составляла не менее 90 тысяч человек, причем если в 1941–1943 гг. в формирования «Омакайтсе» входили только добровольцы, то с февраля 1944 г. в эти формирования мобилизовывались все мужчины от 17 до 60 лет [493]. Таким образом, начальник контрразведки Ленинградского фронта фактически предлагал выслать за пределы Эстонии значительную часть мужского населения республики. Подобная акция, по всей видимости, стала бы началом подготовки массовой депортации по образцу депортаций «возмездия» 1943–1944 гг.
Однако в Кремле с подобным предложением не согласились, и репрессии против коллаборационистов на территории Прибалтики осуществлялись исключительно в идивидуальном порядке — в полном соответствии с директивной № 494/94. Репрессиям подвергались преимущественно офицеры, руководящие работники гражданской администрации и те из коллаборационистов, чье участие в преступлениях против мирных граждан было доказано. Последних, впрочем, было достаточно много.
О масштабах репрессий против коллаборационистов в Эстонии можно судить по направленному в Государственный комитет обороны сообщению наркома госбезопасности СССР В. Меркулова от 14 ноября 1944 г.