В Прибалтике база для советского партизанского движения до прихода оккупантов создана не была по нескольким причинам. Во-первых, за одиннадцать месяцев советской власти (август 1940 г. — июнь 1941 г.) было трудно сформировать такую базу, тем более в условиях низкого уровня «советизированности» населения{1068}. Быстрое продвижение германских войск по Прибалтике не дало возможности сформировать партизанское движение в Литве и Латвии после начала войны. ЦК КП(б) Литвы вынужден был оправдываться перед руководством СССР за то, что он «перед началом войны и в первые дни ее не был подготовлен к переводу партийных организаций на нелегальное положение и в силу сложившихся обстоятельств из-за быстрого отступления Красной Армии не смог ориентировать должным образом ряд уездных комитетов партии». В 1941 и 1942 гг. все партизанские отряды, отправленные на территорию Латвии, не сумели закрепиться на ее территории, так как были разгромлены и рассеяны германскими и коллаборационистскими формированиями. Созданное в Эстонии партизанское подполье в составе 700–800 чел.{1069}, очевидно, было выдано секретарем ЦК КП(б) Э.К. Сяре, попавшим в руки оккупантов{1070}, либо раскрыто германскими властями — так как партизаны были набраны в основном за счет эстонцев, которые в 1941 г. были эвакуированы в тыл СССР или мобилизованы в Красную Армию, после начала оккупации все они были взяты на учет эстонской полицией. Во-вторых, многие сочувствовавшие советской власти люди были из Прибалтики эвакуированы в июне — августе 1941 г., а антисоветски настроенные лица, наоборот, остались, тем более что при вступлении в СССР в 1940 г. в Прибалтике не было гражданской войны, и даже применив аресты и депортации, советская власть не смогла ликвидировать значительную часть враждебных ей элементов{1071}.
Тем не менее ко второй половине 1942 г. партизанская деятельность в Прибалтике усилилась. Германские власти отмечали партизанскую активность на севере Литвы. Хотя основная часть партизан в этом регионе, по германским данным, состояла из советских военнопленных и евреев, которые смогли избежать заключения в гетто, представители местного населения оказывали партизанам помощь{1072}. Советский партизанский командир А.В. Рагуотис отмечал, что после заброски в Литву численность его отряда выросла с 13 до 300 чел., в том числе за счет пришедших из Латвии, а также бывших военнопленных{1073}. В сентябре 1942 г. в Латвии оккупационные власти отметили усиление активности советских партизан, которые действовали небольшими группами в восточной части региона{1074}. В то же время условия для партизанского движения в Прибалтике оставались тяжелыми. Комиссар Латышской партизанской бригады О.П. Ошкалнс отмечал, что их формирование сначала долго не могло перейти границу Латвийской ССР, так как его выбивали обратно. В Латвии помощь советским партизанам оказывало преимущественно русское население. Командир эстонского партизанского отряда Л.П. Мятинг указывал на аналогичную ситуацию в Эстонии{1075}.
В Литве ко второму периоду войны численность советских партизан составляла не менее 1432 чел.{1076}, в Латвии — 756 чел., в Эстонии — 339 чел.{1077}
В Крыму с ноября 1941 г. по октябрь 1942 г. действовали 3880 советских партизан. Во всех отрядах преобладающее большинство составляли русские (до 70%), следующими по численности были украинцы, а представители других народов составляли незначительную часть{1078}. На оккупированной территории Калмыкии (с августа по декабрь 1942 г.) действовали шесть подпольных улусных комитетов ВКП(б) и пять подпольных групп{1079}.