Митрополит Стефан Яворский, ближайший помощник Петра, составил сочинение «Камень веры», в котором он требовал уничтожения еретиков. «Иного на еретиков врачевания нет паче смерти», - утверждал священник.
Петербургский митрополит Гавриил по поручению Синода в 1767 году разработал методы борьбы с еретиками. Фантазия Митрополита разыгралась не на шутку. Он предлагал одевать преступника в позорную одежду и выставить на всеобщее обозрение. Затем нанести наказуемому тридцать ударов, выжечь калёным железом клеймо и сослать в каторгу, где использовать на работах «вместо скотов», - как подчёркивал Гавриил.
После утверждения на Руси христианства сразу начались ведовские процессы. Священники доказывали, что болезни посылаются богом за грехи, и настраивали прихожан не верить ни в медицину, ни в знахарей, а усиленно молиться. Народные травники преследовались. По Петровским Воинским артикулам 1716 года наказание получали «чернокнижники, ружья заговорители, суеверные и богохульные чародеи» за колдовство. За такие преступления обвиняемых нередко ждал костёр.
Православная Церковь с давних времён применяла монастырское заключение для преступников. Монахи выполняли функции тюремщиков. В Никоновской летописи рассказывается, что ещё в XI веке еретиков держали в погребах архиерейских домов. Особенно страшными для наказуемых были земляные тюрьмы - вырытые в земле ямы, в которые опускались деревянные срубы. Режим содержания в монастырских тюрьмах был намного тяжелее, чем в каторжных. Узников часто заковывали в кандалы, иногда приковывали к стене или громадной деревянной колоде. «Для познания истины» узников пытали. Епископ Георгий Конисский поведал о практиковавшихся в конце 17 века дознаниях и казнях: «Казни сии были — колесовать, четвертовать и на кол сажать, а самая легчайшая — вешать и головы рубить. Вины их изыскивались от признания их самих, к тому надежным средством служило препохвальное тогда таинство — пытки, которой догмат и поныне известен из сей пословицы русской — кнут не ангел, души не вынет, а правду скажет, и которая производилась со всей аккуратностью и по указанию Соборного уложения, сиречь степенями и по порядку, батожьем, кнутом и шиною, то есть разожженным железом, водимым с тихостью или медлительностью по телам человеческим, которые от того кипели, шкварились и вздымались. Прошедший одно испытание поступал во 2-ое, а кто не выйдет живым, тот считался за верное виновным и веден на казнь».
Популярной пыткой было поднятие подозреваемого на дыбу. Историк М. Снегирев так описал этот изощрённый по жестокости способ получения признаний: «поднятому на дыбу привязывали к ногам тяжелые колодки, на кои ставши, палач подпрыгивал и тем самым увеличивал мучение: кости, выходя из суставов своих, хрустели, ломались, иногда кожа лопалась, жилы вытягивались, рвались и тем причинялись несносные мучения. В таком положении били кнутом по обнаженной спине так, что кожа лоскутьями летела».
Из монастырской тюрьмы трудно было освободиться. Обычно узники получали отрицательную характеристику в такой интерпретации: «не может быть освобождён без явной опасности для общественного порядка», «заключение полезно, доколе не придёт в чувство христианского самосознания в преступлениях». М. Гернет. Указ. соч., т. 2, стр. 475. Чаще всего бренная жизнь узников заканчивалась в застенках монастырского заключения.
Православная Церковь решила окрестить все проживавшие на Руси народы, независимо от принадлежности к той или иной национальности или вероисповеданию. Сибирский митрополит Филофей Лещинский усердно насаждал христианство среди остяков и вогулов огнем и мечом, при этом сжигал языческие капища, разрушал нехристианские кладбища.
В 1738 году при Свияжском Богородицком монастыре была организована Новокрещенская контора для «умножения христианского закона» среди мусульманского населения Поволжья. Особенно отличился возглавлявший контору епископ Дмитрий Сеченов. Он принуждал башкир и татар креститься, отправляя в купель связанными, держал многих в тюрьме в кандалах и колодках. За успешную деятельность этот священник получил тысячу душ крепостных, денежное вознаграждение и стал членом Синода. Такими же жестокими «просветителями» были Стефан Пермский, Трифон Вятский, Гурий Казанский, Софроний Иркутский. Всех этих миссионеров церковь причислила к лику святых.
Что могло быть с моральным состоянием граждан страны после такого жесткого управления ими? Духовенство, призывая народ к смирению и состраданию, сами демонстрировали примеры нетерпимости. Как говорил Тарас Шевченко: «Зла принес Христос немало. А переиначил людей божьих?»