Он же 19 июня 1939-го: «На днях беседовал с доктором Клейстом из бюро Риббентропа. Клейст сказал: … В течение последних недель Гитлер обстоятельно занимался Советским Союзом и заявил Риббентропу, что после решения польского вопроса необходимо инсценировать в германо-русских отношениях новый раппальский этап и что необходимо будет с Москвой проводить определенное время политику равновесия и экономического сотрудничества. Военная акция Германии против Польши намечена на конец августа — начало сентября. Военные приготовления в Восточной Пруссии почти закончены, в Германии и в Словакии они продолжаются…» (док. № 333).
Он же 7 августа 1939 г . о беседе с военно-воздушным атташе Германии в Польше: «7 августа 1939 г . полковник Герстенберг, пригласив меня к себе, попросил коротко рассказать о текущих политических событиях. Затем он рассказал: … Переговоры западных держав с Москвой проходят неблагоприятно для нас. Но и это является для Гитлера еще одним доводом в пользу ускорения акции против Польши. Гитлер говорит себе, что в настоящее время Англия, Франция и Советский Союз еще не объединились; для достижения соглашения между генеральными штабами участниками московских переговоров потребуется много времени; следовательно Германия должна до этого нанести первый удар. Развертывание немецких войск против Польши и концентрация необходимых средств будут закончены между 15 и 20 августа. Начиная с 25 августа следует считаться с началом военной акции против Польши» (док. № 402).
Журналист Хельмут Киндлер разъезжал по европейским странам, собирая всевозможную информацию, в частности, в Вене и Бухаресте. Из Румынии, например, он привез подробные сведения о сотрудниках немецкого посольства. В 1938 году он устроился редактором в издательстве Ульштейна. Но это было только прикрытие для его работы в движении Сопротивления в группе «Европейский союз» Роберта Хавеманна и Георга Гроскурта.
В связи с надвигающейся германско-польской войной резидентура была расформирована. Рудольф Гернштадт, как еврей не мог вернуться в Германию и выехал в Москву (страну покинули и его родители, позднее нацисты убили их в Чехословакии), Ильзе Штёбе перебралась в Берлин, куда перевели и Рудольфа фон Шелиа, там же появились Герхард Кегель и супруги Велькиш.
В ЦентреГернштадт в 1939-1940 годах по-прежнему занимался германским направлением. Осенью 1939 года был связным Герхарда Кегеля, который прибыл в Москву в составе германской торговой делегации. «В начале пребывания в Москве торговой делегации, — вспоминал Кегель, — Гернштадт поддерживал со мной постоянную связь. Он жил в небольшой гостинице на другом берегу Москва-реки, где иностранцы обычно не останавливались. Мы встречались с ним раз в неделю, а иногда — в две недели. Встречи чаще всего происходили у него в гостинице. Мы обменивались информацией и мнениями, обсуждали международные события. Затем я вновь оставался один…» (Кегель Г. В бурях нашего века. М., 1987. С.123-124.). Наряду с выполнением разведывательных заданий Рудольф повышал свою квалификацию — посещал специальные курсы в Москве.
С 1940 года он работал в аппарате Коминтерна и в Главном политическом управлении Красной Армии. Но не прерывал и связей с Центром. Ветеран военной разведки Виктор Викторович Бочкарев, лично знавший Гернштадта, вспоминает: «В течение всего периода работы на германском участке 1-го отдела мне приходилось постоянно встречаться по заданию начальника ГРУ И. И. Ильичева с Рудольфом Гернштадтом, замечательным разведчиком, создавшим берлинскую резидентуру, завербовавшим семь ценных агентов, включая Ильзе Штебе, Герхарда Кегеля, Курта Велкиша и других. Несколько месяцев я проживал с ним на одной служебной квартире. От Р. Гернштадта было получено более 20 разработок и справок на военно-политические темы, связанные с фашистской агрессией, включая битвы под Москвой, Сталинградом и на Курской дуге. В ноябре 1942 года он подготовил обстоятельный и объемный документ, касающийся организации нелегальной работы в Германии» (Бочкарев В. В. 60 лет деятельности ГРУ. М., 2003. С.31.).
В июле 1943 года на территории СССР создается антифашистский Национальный комитет «Свободная Германия», в который вошли представители немецкой эмиграции в Советском Союзе и немецких военнопленных. Кадры для комитета готовила, в частности, открытая в Красногорске под Москвой Антифашистская школа, где преподавали и члены НКСГ. Они вели также большую агитационно-пропагандистскую работу среди военнопленных, готовили и выпускали в эфир передачи на радиостанции «Свободная Германия», непосредственно на фронте обращались к солдатам и офицерам вермахта с помощью громкоговорителей, издавали газету «Freies Deutschland».
Главным редактором центрального органа НКСГ стал Рудольф Гернштадт.
С начала 1944 года Рудольф входил в состав Рабочей комиссии Политбюро ЦК Компартии Германии. А в мае 1945 года, по рекомендации Георгия Димитрова, его направили в Германию для издания народной газеты.