В 1941 году, когда началась война, и Львов оккупировали немцы, Шептицкий послал поздравления от униатской церкви Гитлеру, надеясь на освобождение Украины от большевиков. Он зашел так далеко, что даже благословил созданную в ноябре 1943 года дивизию СС «Галичина», специальное украинское формирование, находившееся под командованием офицеров немецкого гестапо. Дивизия присягнула на верность Гитлеру и использовалась для карательных акций против мирного населения и евреев, которых уничтожали на Украине, в Словакии и Югославии. Капелланом дивизии Шептицкий назначил архиепископа Иосифа Слипого.
Отдельные подразделения этой дивизии попали в плен к англичанам в Италии и Австрии, а в мае 1947 года командиры этих подразделении были посланы в Англию. В 1951 году «Интеллидженс сервис» использовала их как агентов-диверсантов и забросила в Западную Украину на парашютах, где они должны были возглавить движение сопротивления.
В 1944 году Шептицкий был уже стар и находился при смерти. Заботясь о судьбе украинской униатской церкви, он, проявив мудрость, направил в Москву миссию, включавшую его младшего брата, архиепископа Иосифа Слипого и архиепископа Гавриила Костельника. Они через Президиум Верховного Совета попросили принять их Патриарха Русской православной церкви, которая никогда не была в хороших отношениях с униатами. Президиум Верховного Совета, однако, направил делегацию в НКВД, чтобы прояснить вопрос о сотрудничестве руководства униатской церкви с немцами. Мне и генералу Мамулову, начальнику секретариата НКВД, было приказано принять украинскую церковную делегацию. К их удивлению, я на западно-украинском диалекте изложил им данные о сотрудничестве руководства униатской церкви с немцами и, как мне было приказано, заверил их, что, если они раскаются, и выяснится, что иерархи церкви сами лично не совершили военных преступлений, преследовать их не будут.
Последующие события развивались трагически. После смерти митрополита Александра Шептицкого, в 1945 году среди униатских священнослужителей разгорелся ожесточенный конфликт. Дело в том, что внутри
униатской церкви давно существовало сильное движение за объединение с православной церковью. Те священники в окружении Александра Шептицкого, которые противостояли такому союзу, оказались серьезно скомпрометированными своим сотрудничеством с немцами. Архиепископ Гавриил Костельник, высказывавшийся на протяжении почти трех десятилетий за объединение с православной церковью, стал во главе этого движения. Приходилось часто слышать, будто он является агентом НКВД, но это утверждение не имеет под собой никаких оснований. В действительности двое его сыновей были вовлечены в движение бандеровцев, и оба погибли в боях с частями НКВД. В 1946 году Костельник собрал конгрегацию униатских священнослужителей, проголосовавших за воссоединение с православной церковью. Архиепископ Гавриил Слипый был арестован и сослан. Воссоединение нанесло решающий удар по украинскому партизанскому националистическому движению под руководством Бандеры – ведь большинство их командиров было из семей униатских священников.
Изо всех сил стремясь сохранить националистическое движение, Бандера прибегнул к террору, ставшему повседневным явлением в жизни Западной Украины. Местные власти, по существу, потеряли контроль над сельской местностью. Вожаки-националисты запрещали молодежи идти на призывные пункты для службы в Красной Армии; люди Бандеры вырезали семьи призывников и сжигали их дома, пытаясь установить власть ОУН над сельскими территориями. Убийство Костельника на ступенях Львовского собора, когда он выходил после службы, стало кульминацией кампании террора. Убийца был окружен толпой верующих и застрелился; его опознали – им оказался член террористической группы, руководимой заместителем Бандеры Шухевичем, семь лет возглавлявшим украинское подполье. Во время войны Шухевич имел чин гауптштурмфюрера и был одним из командиров карательного батальона «Nachtigal». Командовали батальоном в основном немцы, а состоял он из бандеровцев. После массового расстрела в июле 1941 года во Львове евреев и многих представителей польской интеллигенции бандеровцы провозгласили создание правительства независимой Украины во главе со Стецко.
Однако немецкие власти немедленно разогнали это правительство. Ряд политических деятелей ОУН были интернированы, в том числе и Бандера. Гитлер рассматривал оуновское движение лишь как полицейскую силу в установлении германского господства на славянской территории. Немцы поддерживали украинский национализм только в создании местных органов управления под своим контролем и вплоть до 1944 года категорически не признавали ОУН как политическую силу.
Позднее, в 1945 году, часть батальона «Nachtigal» влилась в элитное карательное подразделение вооруженных сил фашистской Германии – дивизию «Галичина».