В 1951 году Майрановский вместе с Эйтингоном, Райхманом, Матусовым и А. Свердловым были арестованы и обвинены в незаконном хранении ядов, а также в том, что они являются участниками сионистского заговора, цель которого – захват власти и уничтожение высших руководителей государства, включая Сталина. Рюмину, который возглавлял следствие по этому делу, удалось выбить фантастические признания у Майрановского (он отказался от них в 1958 году) и заместителя начальника секретариата Абакумова Бровермана. Когда в конце 1952 года Рюмин, будучи заместителем министра госбезопасности Игнатьева, был снят с должности, следственная часть не могла представить обвинительное заключение против Майрановского в том виде, в каком его подготовил Рюмин. Показания начальника токсикологической лаборатории не подкреплялись признаниями врачей, арестованных по делу Абакумова, которые не имели понятия об этой лаборатории.
Никто из арестованных врачей ничего не знал о секретной деятельности Майрановского: он сам проводил эксперименты с ядами на приговоренных к смертной казни в соответствии с установленным правительством и Министерством госбезопасности порядком. Зафиксировать в полном виде признания Майрановского было чересчур рискованно, поскольку он ссылался на указания высших инстанций и полученные им награды. Именно поэтому его дело поступило на рассмотрение во внесудебный орган – Особое совещание при министре госбезопасности. По-видимому, имелись какие- то планы использовать в дальнейшем Майрановского в качестве свидетеля против кого-либо в высшем руководстве. Его оставили в живых и в феврале 1953 года приговорили к десяти годам лишения свободы за незаконное хранение ядов и злоупотребление служебным положением.
Майрановский был осужден незадолго до смерти Сталина. Когда Берия вновь возглавил органы безопасности, Майрановский направил ему огромное количество заявлений-просьб об освобождении, писал о своей невиновности и ссылался на работу под его непосредственным руководством в 1938–1945 годах. Берия, видимо, собирался освободить его, но вскоре сам был арестован. Прокуратура немедленно использовала заявления Майрановского против него самого, против Берии, Абакумова и Меркулова. Теперь Майрановский был представлен как сообщник Берии в его мифических планах ликвидации советского руководства с помощью ядов.
Мне известно о четырех фактах ликвидации опасных врагов советского государства, как тогда однозначно понималось, проведенных с участием Майрановского в 1946–1947 годах. Я имею в виду известных украинских националистов, о которых я уже рассказывал, а также иностранцев – Самета и Оггинса.
Самет, польский инженер еврейской национальности, интернированный нами в 1939 году, занимался совершенно секретными работами по использованию трофейного немецкого оборудования на наших подлодках, которое давало большое преимущество в длительности пребывания под водой. Самет связался с англичанами: он собирался выехать в Палестину. Чтобы внедрить агента в окружение Самета и контролировать его связи с иностранцами, в Ульяновск, где все происходило, направили Эйтингона. Приехавший позже Майрановский вместе с агентом, врачом заводской поликлиники, сделал Самету во время профилактического осмотра инъекцию яда кураре.
Генерал Волкогонов в 1992 году представил в конгресс США список американцев, погибших в Советском Союзе в годы Второй мировой войны, а также «холодной», и выразил от имени президента Ельцина сожаление в связи с их гибелью. В этом списке был и Оггинс. Ликвидировали Оггинса, как считает Волкогонов, чтобы он не смог рассказать правду о советских тюрьмах и концлагерях.