Абакумов яростно отрицал свою вину, доказывая, что не скрывал никаких материалов о «заговоре врачей» и тем более не являлся его руководителем или вдохновителем и не привлекал к «заговору» подчиненных сотрудников-евреев из Министерства госбезопасности. Он продолжал полностью отрицать предъявлявшиеся ему обвинения даже под пытками, «признания» от него так и не добились. Таким образом, дело о «заговоре» в Министерстве госбезопасности зависело от признаний полковника Шварцмана, журналиста по профессии. Работая в Следственной части, он, как правило, сам не занимался допросами, а в основном редактировал фальсифицированные показания, вырванные у заключенных. Когда Сталин распорядился арестовать начальника Следственной части Леонова и его заместителей, одним из арестованных оказался и Шварцман, еврей по национальности. Он показал, что является помощником Абакумова по сионистской террористической организации, куда входили все высшие офицеры МГБ. На допросе он «признался», что якобы получил от Абакумова задание создать в Министерстве госбезопасности группу евреев-заговорщиков для разработки террористических акций против членов правительства.
Шварцман также «признался», что, будучи гомосексуалистом, находился в интимных отношениях с Абакумовым, его сыном и послом Великобритании в Москве. Свои гомосексуальные контакты с американскими агентами-двойниками Гавриловым и Лаврентьевым он, по его словам, использовал для того, чтобы через этих внедренных в посольство США людей получать инструкции и приказы для еврейских заговорщиков.
Семен Денисович Игнатьев (1904–1983) – в июле 1951 года был назначен представителем ЦК в министерстве государственной безопасности. С августа 1951 года по март 1953 года – министр государственной безопасности СССР (при нём раскручивались «Дело врачей» и «Мингрельское дело»), одновременно возглавлял отдел ЦК КПСС, а затем лично Управление Охраны МГБ после отстранения многолетнего начальника охраны Сталина генерала Н. С. Власика
Шварцман хорошо знал, как работает машина следствия, и, чтобы доказать свое сотрудничество, выдвигал против должностных лиц еврейской национальности одно обвинение за другим. В то же самое время он выдумывал самые невероятные истории вроде такой: в террористической деятельности ему помогал сионистский «суп», который по старинным рецептам варила его тетка. Он также рассказал следователям, что спал с падчерицей и в то же время имел гомосексуальные отношения с сыном. Он добивался, чтобы его направили на психиатрическую экспертизу, – и такое предложение внес заместитель военного прокурора полковник Успенский. Когда о выдвинутых Шварцманом обвинениях против тридцати сотрудников Министерства госбезопасности еврейской национальности, занимавшихся терроризмом, доложили Сталину, он заявил Игнатьеву и Рюмину: «Вы оба дураки. Этот подонок просто тянет время. Никакой экспертизы. Немедленно арестовать всю группу». (Об этом мне рассказывал Людвигов, когда мы оба находились в тюрьме).
Николай Николаевич Селивановский (1901–1997) – с 1946 года по ноябрь 1951 года – заместитель министра государственной безопасности СССР
По распоряжению Сталина были арестованы все евреи – ответственные сотрудники центрального аппарата Министерства госбезопасности. Так оказались за решеткой Эйтингон, Райхман, заместители министра госбезопасности генерал-лейтенанты Питовра-нов и Селивановский. Арестовали и полковника в отставке Маклярского, ставшего к тому времени весьма известным кинодраматургом, специализировавшимся на сценариях из жизни разведчиков: Шварцман в своих показаниях упомянул и его. Был брошен в тюрьму и сын первого главы советского государства Свердлова полковник Андрей Свердлов.
Евгений Петрович Питовранов (1915–1999) – с декабря 1950 года – заместитель министра государственной безопасности СССР
Вместе с этими людьми также были арестованы и их непосредственные подчиненные, по национальности русские. В МГБ и Следственной части появились новые лица из партийных органов. Они, как правило, отличались полной некомпетентностью. На волне набиравшей силу антисемитской кампании и истерии руководство Следственной части по особо важным делам МГБ было усилено в 1951–1953 годах по специальным решениям ЦК КПСС Коняхиным и Месяцевым. Последний имел большой опыт работы в годы войны в качестве начальника следственного отдела во фронтовых органах военной контрразведки СМЕРШ. В 60-70-е годы он стал председателем Гостелерадио СССР, затем послом в Австралии.
Андрей Яковлевич Свердлов (1911–1969) – полковник, заместитель начальника отдела «К» (контрразведка) Главного управления МГБ СССР
Николай Михайлович Коняхин (1914–1977) – с сентября 1951 года по март 1953 года заместитель начальника Следственной части по особо важным делам МГБ СССР
Николай Николаевич Месяцев (1920–2011) – с января по март 1953 года помощник начальника Следственной части по особо важным делам МГБ СССР