Инквизиция создала свои собственные законы и процессуальный кодекс. Прежде чем основать в городе свой трибунал, она через приходские кафедры объявляла народу «Эдикт веры», требующий от всех, кто знает о какой-либо ереси, сообщать о ней инквизиторам. Каждого призывали быть доносчиком, доносить на своих соседей, друзей, родственников. (В XVI веке, однако, обвинение близких родственников не допускалось). Доносчикам обещали полную секретность и защиту; торжественная анафема — то есть отлучение от церкви и проклятие — налагалась на всех, кто знал и скрывал еретика. Если крещеный иудей все еще питал надежды на грядущего Мессию; если он соблюдал диетические законы Моисеева кодекса; если он соблюдал субботу как день поклонения и отдыха или менял свое белье для этого дня; если он каким-либо образом праздновал любой иудейский святой день; если он обрезал кого-либо из своих детей, или давал кому-либо из них еврейское имя, или благословлял их, не совершая крестного знамения; если он молился движениями головы или повторял библейский псалом без добавления глории; если он поворачивался лицом к стене, когда умирал: Эти и подобные случаи инквизиторы называли признаками тайной ереси, о которых следовало немедленно сообщить в трибунал.28 В течение «срока благодати» любой человек, считающий себя виновным в ереси, мог прийти и признаться в этом; его штрафовали или назначали епитимью, но прощали при условии, что он раскроет все сведения, которые мог иметь о других еретиках.
Инквизиторы, по-видимому, тщательно просеивали доказательства, собранные осведомителями и следователями. Когда трибунал единогласно убеждался в виновности того или иного человека, он выдавал ордер на его арест. Обвиняемого держали без связи с внешним миром; никому, кроме агентов инквизиции, не разрешалось разговаривать с ним; никто из родственников не мог его навестить. Обычно его заковывали в цепи.29 Обвиняемый должен был сам принести постель и одежду, а также оплатить все расходы на свое содержание и пропитание. Если он не предлагал достаточно денег для этого, его имущество продавалось с аукциона, чтобы покрыть расходы. Оставшееся имущество конфисковывалось сотрудниками инквизиции, чтобы его не спрятали или не избавились от него, чтобы избежать конфискации. В большинстве случаев часть имущества продавалась, чтобы содержать тех членов семьи жертвы, которые не могли работать.
Когда арестованный представал перед судом, трибунал, уже признав его виновным, возлагал на него бремя доказывания своей невиновности. Суд был тайным и закрытым, и обвиняемый должен был поклясться никогда не разглашать никаких фактов о нем в случае освобождения. Против него не приводили свидетелей, ему не называли имен; инквизиторы оправдывались тем, что эта процедура необходима для защиты их осведомителей. Обвиняемому сначала не сообщали, какие обвинения против него выдвинуты; ему просто предлагали признаться в собственных отступлениях от ортодоксальной веры и культа и предать всех, кого он подозревает в ереси. Если его признание удовлетворяло трибунал, он мог получить любое наказание, вплоть до смерти. Если он отказывался признаться, ему разрешалось выбрать защитников для защиты; при этом его держали в одиночной камере. Во многих случаях его пытали, чтобы добиться признания. Обычно дело затягивалось на месяцы, и одиночного заключения в цепях часто хватало, чтобы добиться любого признания.