Часто целые стада дзеренов вымирают вследствие вспышки эпидемий ящура. Как правило, дикие парнокопытные заражаются им от домашнего скота. Значительный вред наносят дзеренам и кровососущие насекомые. Так, подкожные и носоглоточные оводы, питающиеся кровью животных, становятся причиной истощения и ослабления организма, что при неблагоприятных условиях приводит к гибели копытных.
Главным врагом дзеренов, если не считать человека, является волк. Как правило, хищники начинают охотиться на этих животных в конце зимы, когда многие особи оказываются ослабленными бескормицей. В весенний и летний периоды волки предпочитают стороной обходить стада дзеренов, видимо, кровожадные хищники догадываются, что догнать сорвавшихся с места животных им не удастся.
Натуралисты не раз отмечали, что волки, завидев дзеренов, даже не предпринимают попыток схватить их. Однажды ученые стали свидетелями того, как волки, проходившие мимо стада на расстоянии 250—300 м, не напали на парнокопытных, хотя в стаде были беременные самки, которых хищники смогли бы поймать.
В отдельных случаях волки находят и загрызают спрятавшихся в траве новорожденных дзеренят. Маленькие парнокопытные не раз становились легкой добычей манулов и беркутов. Однако хищные звери и птицы наносят незначительный урон популяции дзеренов.
Еще в середине XX века дзерен был главным объектом охоты для жителей степных районов Центральной Азии. Животных уничтожали главным образом из-за их нежного мяса, которое славилось своими вкусовыми качествами.
Как правило, дзеренов убивали в осенне-летний период, когда их мясо было особенно жирным и нежным. После разделки туши одного парнокопытного данного вида получали до 52 – 53% (от общего веса) мяса превосходного качества. Обычно от взрослого самца получают около 23 – 25 кг мяса, а от самки – до 18 кг.
Достаточно высоко ценилась и шкура дзерена, шедшая на изготовление замши и кожи. Искусные ремесленники делали из рогов копытных всевозможные сувениры, из сыромятной кожи изготавливали прочные ремни и арканы, которые использовались местными пастухами для поимки диких лошадей.
В Забайкалье и Чуйских степях охоту на дзеренов устраивали, как правило, в зимнее время года, когда ослабевшее животное можно было легко поймать и убить. Обычно ослабевших от бескормицы копытных сначала загоняли, а затем били, используя тяжелые палки или нагайки. Часто местные жители таким способом могли уничтожить до 500 животных.
В XX веке на дзеренов охотились уже с помощью ружей, и применяя такие известные с давних времен способы, как скрадывание и нагон всадниками. В 30-х годах XX столетия коней заменили автомобилями, с этого времени и началось массовое истребление дзеренов.
Для того чтобы спасти популяцию, русское правительство предприняло ряд мер. Так, в 1933 году был издан закон о запрещении охоты на дзеренов в течение всего года, тем не менее парнокопытных продолжали истреблять. Как оказалось, подобное правительственное решение было всего лишь своеобразной маскировкой, которой вышестоящие чины пытались прикрыть все те бесчинства, что творились на территории распространения дзеренов.
Сохранившиеся до наших дней документы свидетельствуют, что еще начиная с 20-х годов XX столетия в молодом советском государстве представителей данного вида уничтожали по заданию различных руководителей, стремившихся поскорее отрапортовать начальству о своевременной сдаче мяса. Естественно, что сдавали не только мясо домашнего скота, но и мясо убитых дзеренов.
Кроме того, шкуры, рога и мясо этих животных шли не только на отечественный рынок. Продавали их, причем в колоссальных количествах, и за рубежом. Урон популяции наносила также охота местных жителей, аратов, убивавших копытных для того, чтобы прокормить свои семьи. А в Монголии охота на дзеренов являлась переходящей из поколения в поколение традицией.
Массовое истребление дзеренов на территории Монголии зафиксировано с 1932 года. В то время создавались специальные охотничьи бригады, которые занимались исключительно тем, что убивали дзеренов. Статистика свидетельствует, что в период с 1932 по 1970 год в монгольских степях было уничтожено около 1,3 млн. этих парнокопытных. Тогда государство продало мяса дзеренов свыше 26 тыс. тонн.
Известно, что наиболее интенсивный отлов дзеренов наблюдался в период с 1936 по 1950 год. В середине 50-х годов XX века истребление особей данного вида несколько снизилось. В 1951 году охотниками было убито не более 40 тыс. дзеренов. Позднее этот показатель снизился до 18 тыс. голов, а в 70-е годы он не превысил 12 тыс. особей.
В результате подобной деятельности человека численность дзеренов значительно сократилась. Особенно большой урон стадам наносила охота в многоснежные зимы, когда измученные непогодой и бескормицей животные, казалось, сами норовили попасть под пулю или палку.