И всё же основания для «кручины» у молодого царя были. Порой даже он, царь и самодержец, оказывался бессильным — на его напоминания о необходимости выплаты жалованья стрельцам и дворянам отец отвечал, что казна пуста, хотя и признавал: «Не дати, государь, тем городом твоего государева жалованья никакими мерами нельзя». Набожный Михаил принимал близко к сердцу непорядки в самой Церкви. «Ведомо нам учинилось, что в Павлове монастыре многое нестроение, пьянство и самовольство, в монастыре держат питьё пьяное и табак, близ монастыря поделали харчевни и бани, брагу продают; старцы в бани и харчевни и в волости к крестьянам по пирам и по братчинам к пиву ходят беспрестанно, бражничают и бесчинствуют, и всякое нестроение чинится», — сокрушался он в 1636 году в послании инокам Павлова Обнорского монастыря.
Государеву невесту в 1623 году «реабилитировали» — признали здоровой; но упрямая мать царя на брак категорически не соглашалась — и он опять уступил. Скандальная история в царской семье, как и нынешняя «светская хроника», широко обсуждалась — о горькой судьбе несостоявшейся царицы рассуждали даже сидельцы можайской тюрьмы.
Попытки взять в жёны принцесс из Дании и Швеции не удались — тамошние короли не собирались обсуждать вопрос о смене веры ради московских «варваров». В сентябре 1624 года 29-летний царь всё же женился: «...взял за себя государь [дочь] боярина князя Владимира Тимофеевича Долгорукого, царицу Марию Владимировну. А радость его государева была сентября в 18-й день, а тысяцкий был у государя боярин князь Иван Борисович Черкасский; а дружки с государевой стороны были бояре: князь Дмитрий Мамстрюкович Черкасский да князь Дмитрий Михайлович Пожарский с княгинями, а с царицыной стороны были дружки боярин Михаил Борисович Шеин да князь Роман Петрович Пожарский с жёнами. В первый же день была радость великая. Грехов же ради наших от начала враг наш дьявол не хочет добра роду человеческому, научил враг человека своим дьявольским ухищрением, и испортили царицу Марию Владимировну. И была государыня больна от свадьбы и до Крещения Господня».
Второй брак, с Евдокией Стрешневой, заключённый в 1626 году, оказался счастливым; мать царя даже спрятала от сглаза венец невесты в ларец и запечатала своей печатью. В апреле следующего года в царской семье родился первенец — дочь Ирина. Она стала любимицей бабки, которая шила для неё потешные куклы и баловала сластями; тогда же Марфа Ивановна сделала вклад в Благовещенский Шеренский (Ширинский) монастырь в Кашинском уезде — только что напечатанное Евангелие с гравюрами Кондрата Иванова по рисункам известного иконописца Прокопия Чирина. Волею судеб это Евангелие в 1916 году приобрела у купца старообрядческой лавки в Апраксином дворе императрица Александра Фёдоровна для подарка супругу к празднику Пасхи. Евангелие хранилось на рабочем столе Николая II, рядом с бронзовым бюстом царя Михаила Фёдоровича.
Но наследника престола пришлось подождать — царица опять родила девочку. Наконец в 1629 году появился на свет мальчик — будущий государь Алексей Михайлович. Рождение других его сестёр сопровождалось рассуждениями скептиков, подобными словам «чёрной старицы» из Курска Марфы Жилиной: «Глупые де мужики, которые быков припущают коровам об молоду и те де коровы рожают быки; а как де бы припущали об исходе, ино б рожали всё телицы. Государь де царь женился об исходе, и государыня де царица рожает царевны; а как де бы государь царь женился об молоду, и государыня де бы царица рожала всё царевичи. И государь де царь хотел царицу постричь в черницы». Из десяти царских детей до взрослого возраста дожили Ирина, Анна, Татьяна и Алексей, а их братья — пятилетний Иван и новорождённый Василий — умерли в 1639 году.
Михаилу Фёдоровичу и его отцу так и не удалось взять реванш за польское вторжение и вернуть Смоленск. После смерти (1632) Сигизмунда III московские полки во главе с боярином Михаилом Шеиным перешли польскую границу. Вначале успех сопутствовал русской армии: она заняла Серпейск, Дорогобуж, Рославль, Невель, Себеж, Трубчевск, Новгород-Северский и Стародуб. Но под хорошо укреплённым Смоленском войско завязло. Избранный на польский престол сын Сигизмунда Владислав IV собрал армию и в августе 1633 года блокировал русских, отрезав от путей подвоза продовольствия. Эпидемии, голод и потеря надежды на помощь (в это время умер главный инициатор войны Филарет) заставили командующего вступить в переговоры, на которые поляки пошли, поскольку страдали от тех же напастей и, несмотря на все усилия, не смогли развить успех и взять крепости Белую и Вязьму.