Разрыв с Никоном причинил впечатлительному Алексею Михайловичу большое душевное страдание. На соборе он со слезами просил патриархов очистить его от предъявляемых Никоном упрёков в стремлении унизить церковь и овладеть её достоянием. Но царь остался верен церковной реформе, да и не мог уступить — второй Романов, как и все его преемники, был глубоко убеждён в высочайшем значении царского сана и власти, перечить которой никто не имел права.
Добрый царь долго терпел боярыню Федосью Морозову, зная, что дома она молится по-старому, носит власяницу, переписывается с заточённым в Пустозёрске Аввакумом, а её московские палаты являются пристанищем старообрядцев. Царь просил Морозову покориться хотя бы для виду: «Дай мне такоевое приличие людей ради... не крестися треми персты, но точию руку показав...» Боярыня «приличия ради... ходила к храму», то есть посещала никонианское богослужение, но после тайного пострига перестала бывать во дворце, не явилась на царскую свадьбу и отказалась причащаться по служебнику, по которому «государь царь причащается и благоверная царица и царевичи и царевны». Тогда ослушница была схвачена, заточена, а потом по царскому приказанию уморена голодом в земляной тюрьме в Боровске в 1675 году. Другие покровители старообрядчества могли сохранять своё положение, поскольку открыто не выказывали непослушания и не посягали на царский авторитет. Однако многолетнее сопротивление иноков и работников Соловецкого монастыря царским войскам и деятельность ярких лидеров раскола наносили урон престижу государства, демонстрируя неповиновение царской и церковной власти. Крайним проявлением протеста против новаций Никона стали самосожжения — в том же году царь узнал, что под Арзамасом «самозгорело деревни Коваксы розных помещиков крестьян на двух овинах 73 человека».
Во время войны с Речью Посполитой Алексей Михайлович лично отправился в район боевых действий и во главе победоносных войск в 1654 году въехал в освобождённый от поляков Смоленск, а в следующем — в Вильно, поверженную столицу Литвы. В походах он возмужал и превратился из юноши в солидного мужчину, настоящего московского царя. Парсуны — изображения реальных лиц в иконописной манере, но с индивидуальными портретными чертами — донесли до нас облик Алексея, который совпадает и дополняется описанием государя в пору его зрелости, оставленным жившим в Москве племянником царского врача Яковом Рейтенфельсом: