В 22 часа 30 минут 22 октября Р.Я. Малиновский телеграфировал И.А. Плиеву быть готовым к отражению возможного нападения на Кубу. В этой же телеграмме И.А. Плиеву категорически запрещалось использовать атомное оружие. Находившиеся еще в океане на судах два полка ракет «Р-14» были повернуты в сторону СССР.
23 октября президент США подписал директиву о «карантине» Кубы. На следующий день начался досмотр всех судов, следовавших на Кубу. Вскоре поступила информация о том, что в ночь с 26 на 27 октября возможно вторжение американцев на Кубу. РВС и Группа советских войск были приведены в повышенную боевую готовность. К этому времени из 36 наших боевых ракет «Р-12» к заправке горючим, окислителем и стыковке с ядерными головными частями были готовы 18.
В 21 час 26 октября командиры частей ПВО получили право открывать огонь по американским самолетам в случае их нападения на позиции войск. В то же время на следующий день И.А. Плиев вновь получил телеграмму, категорически запрещавшую применять ядерное оружие всеми видами ракет. По сравнению с начальным этапом планирования операции взгляды на использование ядерного оружия существенно изменились.
27 октября пуском зенитной ракеты над Кубой был сбит американский разведывательный самолет «У-2». Пилотировал его ветеран корейской войны 35-летний майор ВВС США Рудольф Андерсон. Это был его 15-й и последний разведывательный полет над Кубой. Исполнявший обязанности командира зенитного полка Е.М. Данилов вспоминал:
Как отреагировала на это Москва? На следующий день всех начальников, причастных к сбитию самолета, ознакомили с шифровкой министра обороны. Она состояла всего из двух фраз: «Вы поторопились. Наметились пути урегулирования». Что поделать, на Кубе об этом не знали.
Между тем из-под обломков самолета был извлечен труп майора Р. Андерсона и через «Красный крест» передан американской стороне. Уничтожение самолета и гибель летчика стали очередным препятствием к мирному разрешению кризисной ситуации. Похороны Р. Андерсона в США вылились в очередной приступ истерии. За смерть «героя» пресса и общественность требовали возмездия. В тот же день, который в США назвали «черной субботой», на совещании у президента представители комитета начальников штабов предложили нанести по Кубе упреждающий удар с воздуха, а вслед за ним начать вторжение. Однако Дж. Кеннеди запретил бомбардировку Кубы. «После такого шага, — сказал президент, — очень скоро никого из присутствующих на совещании не останется в живых».
Миллионы американцев были охвачены паникой. С прилавков сверкающих универсамов сметалось буквально все. У католических храмов выстраивались длинные очереди. На дверях храмов висели таблички: «Исповедь — круглосуточно», никто не хотел отпускать свою душу на Страшный суд без покаяния.
Вечером того же дня от имени президента послу СССР в США в ультимативной форме было заявлено: «Если советские баллистические ракеты не будут немедленно вывезены с Кубы, США будут вынуждены начать боевые действия против Кубы не позднее начала следующей недели», т. е. 29–30 октября. Президент также заявил, что «во что бы то ни стало хочет избежать войны, но риск военной катастрофы возрастает с каждым часом». Одним словом, для выхода из создавшегося положения оставались не сутки — часы.