В результате польская элита разделилась в вопросе о месте их страны в империи. Политические партии, вышедшие из подполья в 1905 году, разошлись по трём путям. Польская социалистическая партия (ППС), руководимая Юзефом Пилсудским, выступала за восстание, ведущее к полному отделению и национальной независимости: помощи для финансирования вооружённого выступления, намеченного на 1904 год, он искал у врага России — Японии. Социал-демократическая партия Королевства Польского и Литвы (СДКПиЛ), среди вождей которой выделялась Роза Люксембург, занимала строго марксистскую позицию: Польша должна оставаться в составе международного пролетарского государства, каким Российская империя станет после надвигающейся социалистической революции. Национал-демократы под руководством Романа Дмовского хотели остаться в существующей империи, но получить при этом политическую автономию и покончить с дискриминационными законами: они представляли торгово-промышленную буржуазию, получавшую выгоды от имперского рынка и рассматривавшую Германию как главную опасность.
В 1905–1906 годах Польша, возможно, являлась самой неспокойной частью империи. Сразу после «Кровавого воскресенья» в январе 1905 года рабочие текстильного центра, Лодзи, объявили забастовку и вышли на демонстрацию с лозунгами: «Долой самодержавие!» и «Долой войну!». Были выдвинуты и экономические требования: восьмичасовой рабочий день и существенное увеличение заработной платы. В результате вмешательства полиции и последовавших столкновений погибло около ста человек. На протяжении 1905 года подобные сцены повторялись не раз. Временами положение в Польше напоминало гражданскую войну, в которой, наряду с рабочими, участвовали студенты, школьники и нередко даже преступники. Относительно пассивными оставались лишь крестьяне, не проявлявшие солидарности с российскими собратьями.
Вооружённая борьба в Польше в 1905–1906 годах длилась дольше, чем восстание 1863–1864 годов, и унесла больше жизней. Для подавления России приходилось держать в Польше до 300 тысяч солдат, по сравнению с 1 миллионом солдат на японском фронте. Трудно обнаружить более яркий пример, во сколько обошлась попытка русифицировать народ с развитым национальным самосознанием, культурой и религией, отличными от русских.
Политика России на Украине во многом совпадала с той, что проводилась по отношению к Польше. Ко второй половине XIX века носителем чувства национальной независимости была интеллигенция Малороссии. Большинство крестьян говорили на разных диалектах украинского, но не обладали национальным самосознанием, а их разговорный язык воспринимался русскими как сельский диалект их собственного языка. В наибольшей степени сохранилась лишь украинская культура, чему способствовали наследие поэта Тараса Шевченко, сочинения историков, например Михайло Драгоманова, и возможность контрабандной переправки материалов из габсбургской Галиции, где украинское самосознание официально поддерживалось в качестве противовеса польскому влиянию.
В 1863 году министр внутренних дел П.А. Валуев выпустил циркуляр, запрещавший публикацию книг на украинском языке, кроме беллетристики и фольклора. В документе отмечалось, что
В 1876 году ещё одним документом запрещались ввоз из-за границы книг на украинском языке и употребление украинского языка в театре.
Такое почти полное подавление языка — уникальное явление в России XIX века. Причина, вероятно, состояла в том, что вопрос национального самосознания украинских крестьян представлял для властей особенно чувствительную проблему. Украинцы были второй по численности этнической группой в империи: 22.4 миллиона по переписи 1897 года, то есть почти 18% всего населения. Если бы удалось их ассимилировать в русскую культуру и язык, то русские составляли бы в империи подавляющее большинство, 62%. С другой стороны, если бы украинцы были грамотными и применяли бы свой «диалект» в качестве литературного языка, то русские в собственной империи оказались бы в меньшинстве.