Отождествление евреев с финансами и торговлей сделало их пешкой в распре между Министерством финансов и Министерством внутренних дел, символизировавшей столкновение императивов экономического роста и внутренней безопасности. Примечательно, что коммерческие и технические училища, пользовавшиеся поддержкой министра финансов Витте, не ограничивали приём ни евреев, ни представителей какой-нибудь другой этнической или социальной группы. В то же время министры внутренних дел, особенно В.К. Плеве (1902–1904), неоднократно предупреждали: такие меры поощряют евреев, как природно одарённый и энергичный народ, к установлению контроля над экономикой страны, средствами массовой информации, к эксплуатации крестьян, которые оставались бы беспомощными без защиты сельской общины. Оппоненты Витте упорно характеризовали его как «государственного социалиста» и «друга евреев».
Кульминацией кампании против Витте стал документ, сфабрикованный в полицейском департаменте Министерства внутренних дел. Так называемые «Протоколы сионских мудрецов» представляли собой якобы стенографический отчёт заседания лидеров международного еврейского сообщества, планирующих заключительную стадию кампании по захвату всего мира, стадию, на которой главной мишенью представлялось российское самодержавие как наиболее серьёзное препятствие на их пути после того, как Западная Европа и Северная Америка стали их добычей. В протоколах объяснялось, как евреи, используя лозунги либерализма и Французской революции, ведут подрывную работу против легитимных монархий во всей Европе, как с помощью промышленности и финансов уничтожают земельную аристократию, как посредством школ и университетов ослабляют нравственность и, проповедуя атеизм, отвращают людей от церкви. В документе излагалась стратегия использования финансовых учреждений, средств массовой информации и системы образования для свержения существующего режима и захвата власти, после чего еврейское мировое правительство установит безжалостное и эффективное полицейское государство, защищающее себя с помощью пропаганды и шпионажа.
Это был старый образ явившегося из-за границы Антихриста, преподанный в новой версии, более подходящей времени. «Протоколы» возникли слишком поздно, чтобы оказать влияние на судьбу Витте, но сыграли зловещую роль в конституционной политике после 1905 года и, позднее, в судьбе евреев по всей Европе. По иронии судьбы кошмарный образ, описанный в фальшивке, гораздо точнее определял черты будущего советского коммунистического государства, чем реально существовавшей императорской России или какой-либо еврейской организации.
Антисемитизм породил своего рода массовую националистическую политику в форме еврейских погромов, наиболее разрушительная волна которых захлестнула Россию в 1903–1906 годах. Они последовали за периодом быстрого экономического роста и миграции населения, которые усилили опасения и недовольство, направленные против тех, кто, казалось, подрывал устои традиционной жизни. Своей кульминации они достигли осенью и зимой 1905–1906 годов, когда после октябрьского манифеста местные власти пребывали в состоянии дезориентации, а нееврейское население в черте оседлости забеспокоилось по поводу того, что евреи составят им ещё более сильную конкуренцию, если получат полные гражданские права. Один начальник железнодорожной станции в Херсонской губернии, услышав о манифесте, заметил:
Такую реакцию на манифест и на очевидную слабость правительства следует рассматривать в контексте целой волны беспорядков, охвативших Россию: крестьянские волнения, забастовки, демонстрации, вооружённые восстания рабочих, межэтнические столкновения. В черте оседлости насилие чаще всего направлялось против евреев, как наиболее заметных мишеней, вызывавших стойкое неприятие многих официальных лиц. В период беспорядков широко использовалась традиция самосуда, жертвами которого становились первые попадающиеся на глаза виновники. Что касается местной полиции, она часто не знала, что делать, кому подчиняться и как использовать явно недостаточные силы для борьбы с крупномасштабными волнениями. Некоторые официальные лица прямо поддерживали акты насилия в отношении евреев, но согласованной политикой российского правительства антисемитизм никогда не был.
Первый погром этого периода произошёл в 1903 году в Кишинёве, главном городе Бессарабии, на Пасху, время, когда и в более спокойных условиях религиозные и этнические конфликты вспыхивали с особой силой. Погром последовал за убийством мальчика, а потом поползли слухи, что евреи убивают христианских детей в ритуальных целях, чтобы использовать кровь младенцев для приготовления своей пасхальной мацы. Беспорядки длились два дня, было убито 47 евреев и более 400 ранено, сгорело 700 домов и разгромлено 600 лавок.