Взлёты и падения Союза во многом совпадали с бурными событиями 1905–1906 годов. Согласно некоторым подсчётам, к концу 1905 года Союз имел от четырёх до пяти тысяч отделений, в том числе в двенадцати губернских центрах, а число его членов превышало двести тысяч человек. Союз провёл два съезда, в июле — августе и ноябре 1905 года, организационную подготовку к которым вело так называемое Бюро поддержки. На первом съезде около сотни крестьян представляли 22 губернии, кроме того, присутствовало примерно 25 делегатов некрестьян: учителя, агрономы, служащие земств, среди них члены партии эсеров. Число делегатов второго съезда оказалось в два раза больше, причём две трети были избраны сельскими и волостными сходами; кроме русских, на съезде присутствовали украинцы, белорусы, эстонцы, латыши и мордвины.
Это были самые крупные собрания, представляющие крестьянскую Россию. Партийный состав делегатов показал влияние социалистов-революционеров, пользовавшихся наибольшей популярностью в сельских местностях. Дебаты по земельному вопросу на первом съезде ясно обозначили крестьянские интересы. Популярную точку зрения высказал один из делегатов:
Другие говорили, прибегая к религиозным терминам: «Бог дал землю всем. Земля даёт нам пищу и питьё. Она должна быть отдана тем, кто может на ней работать». «Земля — настоящая мать всех нас. Её создали не человеческие руки, а Святой Дух, а значит, её нельзя покупать и продавать». Окончательная резолюция звучала не столь категорично:
Это был компромисс между теми, кто настаивал, что земля должна находиться только в коллективной собственности, и теми, кто считал оправданным наличие небольших частных владений, используемых в нуждах семьи.
По другим вопросам Союз был близок по духу большинству крестьянских приговоров. Первый съезд единогласно принял резолюцию с требованием гражданских свобод и созыва Учредительного собрания. Из других требований можно отметить требование всеобщего светского и бесплатного образования и более демократичного и автономного местного самоуправления. Второй съезд, отличавшийся от первого более решительным политическим настроением, осудил правительственные репрессии, потребовал демократических свобод и амнистии политическим заключённым, а также немедленной передачи земли в руки крестьян. Съезд призвал к общенациональной забастовке и бойкоту помещиков, но отверг идею вооружённого восстания.
Впоследствии Крестьянский Союз, как общенациональная организация, внезапно и быстро развалился. После ноябрьского съезда власти распорядились арестовать всех участников. Только в одном Сумском уезде арестовали 1100 крестьян и представителей сельской интеллигенции. Но это не единственная причина крушения Союза: после объявления выборов в Первую Думу крестьяне увидели возможность изложить свои проблемы там, где их услышат. Не имея единой и чётко поставленной цели, Союз был обречён, хотя эсеры пытались поддержать его и склонить крестьян к бойкоту выборов. Здесь снова сыграл свою роль раскол между массами и интеллигентами, когда крестьяне, отметая все советы со стороны, воспользовались любой возможностью, чтобы достичь своей главной цели.
Привлекательность думских выборов усиливалась ещё и тем, что первые стадии проходили в привычной обстановке, на сельских и волостных сходах. Во многих регионах, хотя и не во всех, участие крестьян было очень активным. Как и за год до этого, крестьяне не упустили возможности составить свои приговоры, которые делегаты должны были донести до Думы. Один из меньшевиков заметил: крестьяне