Сомнительно, что политическая организация с такой явной этнической исключительностью могла быть консервативной силой в многонациональной империи. Не будучи оплотом законности и порядка, «Союз русского народа» представлял угрозу для них. Его агитация спровоцировала несколько самых разрушительных и жестоких эпизодов революции 1905 года, включая погромы в Киеве и Одессе. Отношение общественности выражалось язвительной фразой, использовавшейся, чтобы упрекнуть кого-либо за грубое, хамское поведение: «Ты не в чайной «Союза русского народа»»!
Не добились члены «Союза» и успеха на выборах. Довольно много голосов «Союз» получил лишь в западных провинциях, где русские постоянно конфликтовали с поляками и евреями, а православная церковь с католической. В центральных аграрных областях их поддержало некоторое количество крестьян и помещиков, так как там аграрные беспорядки носили особенно жестокий характер, и лозунги законности и порядка пользовались симпатией населения. В остальных регионах рабочие и крестьяне в своей массе отказали «Союзу» в своей поддержке. На выборах в Третью Думу, когда ситуация складывалась более благоприятно, они выступили заодно с беспартийными и правыми.
Возможно, «Союз» лучше справился бы со взятой на себя ролью, если бы перетянул на свою сторону значительную часть крестьян. Но этого он сделать не сумел. Особенно показательным стал IV съезд организации в апреле 1907 года, когда крестьянские депутаты упорно требовали принудительного отчуждения помещичьих земель. Лидеры «Союза» оказались в крайне неприятном положении, так как не хотели, чтобы у них было хоть что-то общее с социалистами. В конце концов удалось добиться компромисса: признав нужду крестьян в земле, съезд оставил решение вопроса будущему Земскому Собору, на котором были бы представлены и крестьяне.
Присутствовавший на съезде известный монах Илиодор предложил направить к царю делегацию с прошением о принудительной земельной реформе. В полном соответствии с духом времени Илиодор представлял собой странное сочетание старца и демагога, писал монарху письма, советуя удалить от двора всех неправославных советников и возобновить священный союз царя и народа через экспроприацию земель у помещиков в пользу крестьян. Живя в Царицыно, Илиодор время от времени совершал поездки на пароходе по Волге, иногда сходя на берег, чтобы донести своё послание восторженным толпам. Газеты в мельчайших подробностях с любовью описывали все дела Илиодора, его идеи и вызывающее поведение порождали недовольство царя, и по распоряжению Святейшего Синода Илиодора лишили духовного сана.
Большие трудности возникли у Столыпина и с другими пунктами программы реформ, хотя он имел поддержку Думы. «Объединённое дворянство» противодействовало ослаблению дворянства в органах местного управления и правосудия, что вело бы к окончанию опеки над крестьянскими институтами. Сопротивление отразилось и в голосовании в Госсовете. П.Н. Дурново, например, осудил предлагаемое всесословное земство как выдумку «либеральных дискуссионных кругов».
Другая потенциально плодотворная законодательная инициатива провалилась из-за острых этнических и религиозных конфликтов в империи. Дума и Государственный Совет не смогли договориться о принципах, которые могли бы стать основой введения всеобщего начального образования: Госсовет хотел, чтобы Синод имел большее влияние на администрацию школ и русский язык был всеобщим языком обучения. Точно так же принцип религиозной терпимости, провозглашённый в апреле 1905 года, никогда не нашёл воплощения в законе, так как Госсовет настаивал на сохранении жёстких ограничений для сектантов и староверов.
Ещё одной категорией подданных, на которую Столыпин собирался распространить гражданские права, являлись евреи. Это вполне соответствовало имперскому национализму Столыпина: устранить все правовые препятствия на пути евреев к получению полного гражданского статуса и восприятию Российской империи как своей родины. Однако эта идея даже не дошла до Думы. Николай II заранее наложил вето на предложение Столыпина, следуя велению «внутреннего голоса», усиленного телеграммами из «Союза русского народа».