Восстание сильно обеспокоило Екатерину. В своих письмах иностранным монархам императрица пыталась преуменьшить его значение, презрительно отзываясь о «маркизе Пугачёве», но в действительности боялась, что движение, если его возглавит кто-то из русской элиты, может привести к отстранению её от власти. По тому, как она сама поднялась на трон, Екатерина прекрасно знала, чего стоит придворная верность. Она внимательно следила за ходом восстания и проявляла живой интерес к допросу захваченных в плен бунтовщиков. В манифестах к народу царица показала тонкое понимание психологии, воспользовавшись старым, допетровским алфавитом. Трудно сказать, как повлияло восстание на её дальнейшую политику, так как реформы, проведённые в 1770-е и 1780-е годы, были запланированы ранее. Вероятно, восстание Пугачёва только укрепило решимость царицы полностью интегрировать казачество в армейскую и управленческую структуры. Этот процесс систематически проводился на протяжении всех оставшихся лет правления Екатерины.
Нет сомнения, что восстание усилило её осторожность и подозрительность в отношении всех возможных источников внутреннего недовольства. На преемников оно произвело тот же эффект: страх возможной пугачёвщины фигурировал в числе аргументов при обсуждении вопроса о предполагаемом освобождении крепостных крестьян вплоть до 1862 года, то есть почти столетие спустя.
Возможно, подобные опасения не имели под собой достаточных оснований: опыт показывает, что крестьяне не могут поднять восстание без вождей, пришедших извне. После укрощения казаков потенциальных лидеров не было в течение века. До Бакунина ни один образованный русский, как бы оппозиционно ни был он настроен к самодержавию, не защищал в качестве средства его свержения крестьянское восстание. Многие сошлись во мнении с Пушкиным:
И всё же в определённой степени российская власть и знать были правы, не забывая Пугачёва. Именно он показал, сколь хрупка лояльность некоторых нерусских народов, и прежде всего русских крестьян, правящему режиму, а также его чиновникам и собственным хозяевам. Дворянам трудно было забыть зрелище сожжённых поместий с повешенными на арках ворот телами их прежних владельцев. Это зрелище служило живым напоминанием о той пучине, которая отделяла простой народ от правящих классов.
Совершенно естественно, что правитель, столь остро сознающий необходимость изменения общества, должен быть заинтересован в развитии образования. И действительно, этот вопрос постоянно занимал Екатерину, которая много читала по этой теме, но заявляла, что, например, «Эмиль» Жан-Жака Руссо, одно из самых модных произведений того времени, не произвёл на неё большого впечатления. Возможно, идея свободного формирования личности не соответствовала её представлениям об общественном порядке. С другой стороны, концепция образования Екатерины была шире, чем концепция Петра I: Екатерина хотела, чтобы образование получала не только элита, но и все слои общества. Императрица делала всё возможное, чтобы двор стал распространителем культуры. В этом направлении она продолжила и расширила инициативу Елизаветы, установившей прекрасную традицию придворного театра, музыки и балета.
Вероятно, самой заметной из её собственных инициатив стало основание общественного журнала по образцу лондонского «Spectator». Журнал, названный «Всякая всячина», редактировался секретарём Екатерины, Г. Козицким, но содержал немало материалов некой Бабушки (под этим псевдонимом скрывалась сама Екатерина). Возможно, на страницах журнала императрица желала оживить те дебаты, которые не завершились в рамках Уложенной комиссии; возможно, посредством сатиры и занимательного чтения Екатерина хотела распространить принципы высокой морали и образцы современной европейской культуры.
Ту же цель Екатерина преследовала, когда демонстративно установила связи с несколькими выдающимися европейскими мыслителями своего времени и основала общество, занимавшееся переводом иностранной литературы на русский язык, выделив на его нужды две тысячи рублей. Екатерина переписывалась с Вольтером, который аплодировал её решительным действиям против католической церкви в Польше, предложила Дидро напечатать в Риге его «Энциклопедию», когда у того возникли трудности с властями Франции, и даже пригласила Дидро в Санкт-Петербург, где философ и царица вели долгие разговоры наедине. Такому амбициозному и политически активному мыслителю, как Дидро, Россия, не обременённая древними институтами и привилегиями, представлялась перспективной с точки зрения проведения просвещённого реформизма, что не удалось сделать во Франции. Дидро настаивал, чтобы Екатерина издала ясный закон о престолонаследии, сохранила Уложенную комиссию в качестве «хранилища законов» и учредила свободную систему обязательного начального образования.