Статьи Новикова предполагали существование независимой общественной жизни, центрами которой являлись салоны и клубы, где обсуждались новые идеи и культивировалось учтивое поведение. В действительности такая жизнь в России едва ли существовала за пределами узкого придворного круга. Первыми людьми, попытавшимися создать её, были масоны, и можно сказать, Новиков также старался претворить на практике то, о чём писал в журналах.
Клятва, принесённая им при вступлении в ложу Ивана Елагина, показывает, что именно привлекало его в масонстве:
«Я клянусь своей честью перед Высшим Создателем мира, что, вступая по моему искреннему желанию в добродетельное общество масонов, всегда буду оставаться честным и скромным человеком, добрым, послушным и миролюбивым членом его, непоколебимым свидетелем мудрости и величия моего Высшего Создателя, верным подданным моего милостивого Государя, достойным сыном моей дорогой Отчизны, добропорядочным гражданином. В этот момент я изгоняю из моего сердца не только месть, но и негодование против тех, кто оскорбляет и презирает меня в моей жизни. Я клянусь, что своей властью и своей собственностью всегда буду пытаться помочь бедным, утешить несчастных, защитить угнетаемых и не только среди моих братьев, но и среди достойных людей любого рода занятий».
В этой клятве нет ни единого слова, которое не одобрил бы Пётр Великий как выражение его идеала государственного служащего, идеала, который он пытался насадить с помощью фискалов. Но, как открыли для себя его преемники, воплощённый на практике активными, патриотически настроенными, искренними гражданами, этот идеал представлял собой нечто совсем иное, чем предусматривали правители, нечто, представляющее угрозу для душевного покоя монархов.
Новиков, по крайней мере, воспринял его со всей серьёзностью. Опираясь на масонские связи, он получил доступ к печатному станку Московского университета и разработал широкую программу издания и распространения книг самой различной тематики, включая документы по истории России и труды историков, переводы иностранных мыслителей и писателей, учебники, религиозные трактаты и масонские обрядовые тексты. С одобрения (поначалу) императрицы Новиков в одиночку приступил к просвещению общественности.
Не довольствуясь только этим, на доходы от издательской деятельности он открыл благотворительные школы, в которых дети должны были «воспитываться в благочестии и готовиться к дальнейшей учёбе ради себя самих и Отечества».
Позднее, во время неурожая 1787 года, Новиков собрал средства для распределения зерна в сотне голодающих деревень и таким образом использовал масонскую сеть для основания первых благотворительных ассоциаций, не находящихся под эгидой церкви.
К середине 1780-х годов отношение Екатерины к деятельности Новикова изменилось, отчасти из-за того, что при всём светском мировосприятии императрица считала православную веру одним из столпов общественного порядка. Она приняла решение запретить публикацию не одобренных церковью религиозных трудов. Ещё более важным стало то, что к тому времени Новиков превратился в главную фигуру среди московских розенкрейцеров, известных связями с прусским двором, состоявшим во враждебных отношениях с Россией, и пытавшихся завербовать в свои ряды Великого князя Павла.
Во всех обществах секретность и элитный характер масонов вызывали недовольство и подозрения, что в действительности те представляют собой лишь организацию, помогающую своим членам попасть на высокие должности. В России всё это дополнялось и неодобрительным отношением к их зарубежным связям, особенно после Французской революции 1789 года, в причастности к которой обвиняли розенкрейцеров. Да и сама Екатерина, возведённая на трон благодаря заговору и боявшаяся потерять власть таким же образом, видела в их деятельности потенциальную угрозу своему положению. Как говорят русские: у страха глаза велики.