Первоначально в рамках реализации этой программы предполагалось объединить все музеи страны в единую государственную сеть, вершиной которой должны были стать Эрмитаж и Русский музей в Петрограде и музеи русского искусства, народного искусства и быта, восточного искусства и западноевропейского искусства, созданные на базе Третьяковской галереи и Музея изящных искусств в Москве. В ходе реализации этой программы были упразднены Румянцевский музей, Музей Академии художеств, слиты Первый и Второй Музеи нового западного искусства, а также значительно перегруппированы коллекции и фонды всех музеев, включая Эрмитаж и национализированные частные коллекции. В результате в Петербурге возник Музей искусств народов Востока, в Москве — Государственный музей изобразительных искусств, а богатейшие коллекциями Третьяковской галереи и Исторического музея существенно расширились за счет упраздненных музейных коллекций. В то же время этот беспрецедентный «культурный прецедент», по сути, подорвал прежний принцип неприкосновенности всех музейных фондов, что привело к тому, что изъятие коллекций, изменение профиля музеев, их реорганизация или упразднение Наркомпросом РСФСР стали буднями музейной работы и принесли немалый вред российскому музейному делу и сохранению культурного наследия страны.
К началу 1923 г. была завершена работа по созданию единой музейной сети Наркомпроса РСФСР, включавшая в себя 220 объектов — 148 провинциальных и 72 столичных музея, расположенных в Москве и Петрограде. Остальные 178 музеев были признаны музеями местного значения и переданы на баланс местных органов советской власти. Аналогичная работа была проведена и в остальных союзных республиках СССР. Однако буквально через год ВЦИК РСФСР создал специальную комиссию «По концентрации музейного имущества» и к началу 1925 г. сеть государственных музеев, финансируемых из госбюджета, сократилась до 100 музеев и 42 филиалов, а на балансе местных советов осталось только 143 музея.
Даже после «концентрации музейного имущества» многие музеи страны продолжали испытывать острый недостаток средств, в том числе на работы по предупреждению краж и пожаров, что зримо показала нашумевшая кража картин из Музея изобразительных искусств в апреле 1927 г. По факту этого хищения правительством страны специально был рассмотрен вопрос о состоянии охраны всех музеев и принято решение о введении вневедомственной милицейской охраны в крупнейших музеях Москвы и Ленинграда, в том числе в Музее изящных искусств, Третьяковской галерее, Историческом музее, Политехническом музее, Русском музее, Эрмитаже и дворцовых комплексах Останкино, Кусково, Гатчины, Царского Села, Павловска, Петергофа и других.
С 1923 г. началась перерегистрация принятых на государственный учет частных коллекций, которая закончилась в 1926 г. В результате этой работы из нескольких сот собраний на государственном учете было оставлено порядка 15 частных коллекций высшей категории, а из 10000 предметов культуры и старины под госохрану взято только около 1000 экспонатов. Одновременно многим музеям было разрешено продавать дублетные фонды, ветхое имущество и госфонды не музейного значения, что привело к бурной антикварной и аукционной торговле и сделало возможным распродажу музейных фондов не только внутри страны, но и за рубежом. Таким образом, сосредоточив в своих руках огромные культурные богатства, советское государство не сумело обеспечить их полную сохранность, что привело к невосполнимым утратам культурного наследия страны.
Уже в начале 1918 г. в Петрограде и Москве началась стихийная распродажа за бесценок целых картинных галерей, богатых библиотек, предметов искусства и старины, многие из которых были вывезены за границу. А вскоре к этой «грязной работе» подключилось и само государство, которое в феврале 1920 г. особым декретом СНК РСФСР для «централизации, хранения и учета всех принадлежащих РСФСР ценностей» учредило знаменитый Гохран РСФСР, ставший особо секретной структурой в недрах Наркомата финансов РСФСР, доступ к которому имели всего несколько человек из высшего руководства страны. В первые революционные годы здесь были собраны все самые ценные драгоценности свергнутого Дома Романовых, Оружейной палаты и Патриаршей ризницы Московского Кремля, а также ценности из личных коллекций, изъятые у частных лиц на основании двух декретов СНК РСФСР — «О конфискации всего движимого имущества эмигрантов и лиц, приравненных к ним» (апрель 1920 г.) и «Об изъятии благородных металлов, денег и разных ценностей» (июль 1920 г.).