Тогда же, в феврале 1942 г. для каждого члена ГКО был определен конкретный участок работы. В частности, В.М. Молотов стал курировать наркомат танковой промышленности (нарком В.А. Малышев), Г.М. Маленков — наркомат авиационной промышленности (нарком А.И. Шахурин), Л.П. Берия — наркоматы боеприпасов (нарком Б.Л. Ванников) и вооружений (нарком Д.Ф. Устинов), Н.А. Вознесенский — наркоматы угольной (нарком В.В. Вахрушев), нефтяной (нарком И.К. Седин) и металлургической (нарком И.Ф. Тевосян) промышленности и т. д.
В декабре 1942 г. было создано Оперативное бюро ГКО в составе В.М. Молотова, Л.П. Берия, Г.М. Маленкова и А.И. Микояна, в компетенцию которого входили руководство и контроль за работой всех наркоматов оборонной и тяжелой промышленности, а также подготовка проектов решений по данным вопросам. В мае 1944 г. вторым заместителем И.В. Сталина по ГКО был назначен нарком внутренних дел СССР Л.П. Берия, позиции которого заметно укрепились в связи с тем, что он стал курировать так называемый «атомный проект». Кроме того, в мае 1944 г. Л.П. Берия был утвержден председателем Оперативного бюро ГКО, в состав которого вместо В.М. Молотова были введены два заместителя председателя СНК СССР — председатель Госплана СССР Н.А. Вознесенский и маршал К.Е. Ворошилов.
Поскольку одни и те же лица являлись одновременно и членами Политбюро ЦК, и членами ГКО, СНК и Ставки, трудно было провести грань между этими властными структурами. В зависимости от характера обсуждаемых вопросов И.В. Сталин давал указание оформить решения по тем или иным вопросам либо как директиву Ставки ВГК, либо как постановления ЦК ВКП(б), СНК СССР или ГКО. Ряд современных историков (Ю. Жуков) расценивают создание ГКО как своеобразный «государственный переворот», в ходе которого от реальных рычагов власти был отстранен прежний правящий «триумвират» в составе И.В. Сталина, А.А. Жданова и Н.А. Вознесенского и вся полнота власти в начале войны перешла к новому «триумвирату» в составе В.М. Молотова, Л.П. Берия и Г.М. Маленкова. И хотя эта версия вызывает сомнения у многих современных историков, следует признать, что она имеет право на существование, поскольку основана на детальном анализе большого количества засекреченных ранее архивных документов.
В сталинской историографии (П. Жилин) катастрофическое отступление Красной армии летом 1941 г. пытались оправдать реализацией особого стратегического плана обороны, главной целью которого был измотать противника в пограничных боях, заманить его вглубь советской территории, а затем, собравшись с силами, нанести ему сокрушительный победный удар. Такая историческая аналогия с Отечественной войной 1812 г. являлась беспардонным вымыслом, поскольку никакого плана стратегической обороны войск попросту не существовало, а советская военная доктрина, принятая в 1935 г., целиком базировалась на известном принципе:
Реальная обстановка на фронтах в первые дни войны оказалась катастрофической. Самая опасная ситуация сложилась на западном стратегическом направлении, где высшее военное руководство Западным фронтом (командующий генерал армии Д.Г. Павлов, начальник штаба генерал-майор В.Е. Климовских), полностью утратило контроль за вверенными им войсками и совершенно не владело объективной информацией о положении дел на их участке фронта. Столь плачевную ситуацию не смогло изменить и прибытие на фронт в качестве представителей Ставки ВГК маршалов Б.М. Шапошникова и Г.И. Кулика.
Тем временем противник силами 4-й полевой армии фельдмаршала Г. Клюге и 9-й полевой армии генерал-полковника А. Штрауса окружил западнее Минска войска 3-й и 10-й армий генералов В.И. Кузнецова и К.Д. Голубева, а 4-ю армию генерала А.А. Коробкова вынудил спешно отойти из района Бреста в район Припяти. Таким образом, на центральном участке Западного фронта образовалась огромная брешь, в которую устремились танковые части вермахта. Уже вечером 28 июня, не встречая серьезного сопротивления со стороны советских войск, противник занял столицу Советской Белоруссии город Минск.
В создавшейся обстановке Ставка приказала срочно отвести все боеспособные части к Западной Двине и создать на линии Даугавпилс — Полоцк — Витебск — Орша — Могилев новую линию обороны. Эта директива Ставки оказалась невыполнима, поскольку уже 29 июня передовые части 3-й танковой группы генерал-полковника Г. Гота форсировали Западную Двину и, прорвав оборону 22-й армии генерал-лейтенанта Ф.А. Ершакова, захватили Даугавпилс.