Система косвенного управления, созданная по схеме, провозглашенной Кауфманом на встрече с именитыми гражданами, очень скоро оказалась малоэффективной. Избранные населением члены хозяйственных управлений оказались нерадивыми и недобросовестными. Сборщики налогов присваивали часть собранных денег, шариатские суды – казии судили несправедливо, что заставило местных жителей обращаться с жалобами к членам русской администрации, которые на первых порах плохо знали местные условия и нередко реагировали неадекватно. Впрочем, малая эффективность косвенного управления в завоеванных Россией регионах Средней Азии не была явлением уникальным, присущим только российской колониальной политике, столь же неэффективна она была и в британских колониях, где практиковалась задолго до Кауфмана. Англичане постоянно совершенствовали эту систему, ее развитию фактически посвятил свою жизнь один из самых видных строителей Британской империи лорд Лугард, бывший не только практиком, но и теоретиком косвенного управления, однако уже в 30-х гг. XX в. чиновники британской колониальной службы убедились в незначительности КПД, казалось бы, детально разработанной системы.
К лету 1868 г. административный контроль был установлен над всей территорией Туркестанского генерал-губернаторства.
В последующие годы, по мере продолжения в Средней Азии русских завоевательных походов, происходили изменения в территориальной структуре края. Так, земли, отторгнутые от Бухарского эмирата, были названы Зеравшанским округом. После взятия Хивы в 1873 г. и заключения с хивинским ханом мирного договора хивинская территория по правому берегу Амударьи была аннексирована и введена в состав Сырдарьинской области, но в связи с ее удаленностью от Ташкента получила самоуправление и необычное наименование – Амударьинский военный отдел. Начальник этого отдела должен был постоянно наблюдать за ханом Хивы и его беспокойными подданными, туркменами-иомудами.
Вплоть до 1875 г. Кокандское ханство сохраняло формальную независимость подобно Хиве и Бухаре, но вопиюще беззаконное правление хана Худояра вызвало возмущение местных жителей, и они восстали. Непрекращающийся хаос в ханстве и нападения восставших на районы, уже включенные в состав Российской империи, вынудили российские власти вмешаться и подавить беспорядки, о чем говорилось выше. Сначала была аннексирована (в качестве компенсации за причиненный ущерб) только часть ханства, однако невозможность установить в ханстве нормальное управление при сохранении власти Худояра заставила Кауфмана отдать распоряжение ликвидировать Кокандское ханство как традиционное государство, сформировать из входивших в него земель Ферганскую область.
После кончины К.П. фон Кауфмана в 1882 г. Император Александр III, благоволивший генералу М.Г. Черняеву, имевшему скандальную репутацию, принял решение наградить его за прежние заслуги и назначил генерал-губернатором Туркестана. При этом возникло некоторое затруднение: во время длительной болезни Кауфмана (инсульт и в результате обширный паралич) его должность исполнял генерал Г.А. Колпаковский, человек весьма исполнительный, к тому же старше Черняева по званию. Увольнять его причин не было, а делать его заместителем Черняева значило бы грубо нарушить правила субординации, что в России того времени было вещью недопустимой. Выход был найден: новая территориальная реорганизация. Была создана новая административно-территориальная единица – Степное генерал-губернаторство, в которое вошли Семиреченская область, изъятая из Туркестанского генерал-губернаторства, а также Акмолинская и Семипалатинская области, бывшие ранее в юрисдикции Западно-Сибирского генерал-губернаторства. Черняеву, таким образом, достались Сырдарьинская и Ферганская области и еще Зеравшанский округ.
Территориальные перемены коснулись и Закаспия. В 1869 г. на морском берегу был основан Красноводск; взятие штурмом Геок-Тепе и присоединение Ашхабада в 1881 г. позволило создать Закаспийскую область, в состав которой в 1884 г. был включен Мерв, в 1885 г. – Кушка. В 1890 г. Закаспийская область была выведена из-под юрисдикции Кавказского наместничества и обрела «независимость», как составная часть империи, непосредственно подчиненная Военному министерству и управляемая в соответствии с «временным положением об управлении Закаспийской областью». Вскоре ее включили в состав Туркестанского края.
В 1895 г. в состав империи вошел Памир, и на этом закончились российские приобретения в Средней Азии. Азиатские границы России с тех пор остались неизменными вплоть до 1917 г.
К 1917 г. Туркестанское генерал-губернаторство имело следующее территориальное разделение: Сырдарьинская область (уезды: Казалинский, Перовский, Чимкентский, Аулие-Атинский,