Россия откликается дипломатическим представлением правительству Великобритании: «Ханства Шунган и Рушан, граничащие не только с Бухарой, но и с русской областью Ферганой, всегда пользовались независимостью., захват., есть произвольное действие. могущее послужить исходным пунктом недоразумений и осложнений между Бухарой и Афганистаном»[354]
. Правительство Ее Величества долго не отвечает, а Бухара начинает готовиться к войне с Афганистаном, поскольку всегда считала эти памирские ханства своими вассалами. Бухарский эмир обращается за помощью к туркестанскому генерал-губернатору. Это то, что так не хватало Черняеву весь год управления краем. В воздухе запахло порохом, раздались боевые выстрелы. Он обращается к Императору (Ванновского он по-прежнему игнорирует) с разрешением передать эмиру Бухары несколько сот ружей устаревших систем и получает согласие. В то же время министр иностранных дел Н.К. Гирс строго предупреждает его не вмешиваться в назревающий на Памире конфликт, но Михаил Григорьевич рвется в бой: он считает необходимым выступить на стороне Бухары. Он шлет телеграммы в Петербург, одна из них датирована 12 декабря 1883 г.: «Только что получил донесение начальника Зеравшанского округа. В Самарканде разнесся слух о занятии Сары-ханом при помощи афганцев Гуляба и Бальжувона, о выступлении из Бухары в Ширабад отряда под начальством принца. Я обращаюсь с заявлением в третий раз, что положению нашему в Средней Азии грозит серьезная опасность. судя по враждебным, противным нам действиям Англии в Средней Азии. В ожидании ответа приказал ген. Иванову, если слухи подтвердятся, двинуть немедленно два батальона с батареей в Катта-Курган для нравственной поддержки эмира, которым население недовольно, и в случае дальнейших успехов афганцев в Бухаре может произойти переворот в пользу английского кандидата Катта-Юре»[355].Как ни странно, Черняев получил согласие Петербурга на военную демонстрацию в пользу Бухары, но в начале 1884 г. англорусские отношения резко ухудшились после мирного присоединения Мервского оазиса к Российской империи. Лондон был возмущен этим актом, требовал прекратить русское движение в сторону Индии и наказать особенно воинственных российских колониальных деятелей.
В Петербурге у Михаила Григорьевича были влиятельные друзья, но и не менее влиятельные недоброжелатели, в числе последних снова, как и 20 лет назад, оказались министры военный и иностранных дел, которые возмущались его своеволием. Свое отрицательное отношение к туркестанскому генерал-губернатору они не скрывали перед Императором. Н.К. Гирс, сменивший Горчакова на посту руководителя МИДа, считал Черняева человеком опасным, способным спровоцировать международный конфликт. Именно они уговорили Царя отозвать Черняева из Ташкента и тем самым хоть как-то удовлетворить и успокоить англичан. Вопрос о присоединении Мерва решался без его участия, однако ему пришлось расплачиваться за чужое решение. Без объяснения причин в январе 1884 г. его вызвали в Петербург. На большом приеме по случаю его отъезда многие понимали, что Редедя в Ташкент не вернется. Это настроение выразил в прочитанном на банкете стихотворении самодеятельный стихотворец Николай Грязнов:
Во время аудиенции в Зимнем дворце в феврале того же года Царь сказал Черняеву: «Вы поссорились со всеми. Вам нельзя там оставаться». То была сущая правда. Вспыльчивый генерал попросился в отставку, но Александр III не согласился и приказал заседать в Военном совете при военном министре. Обещал вскоре дать ему новое назначение. До совершеннолетия его единственного сына дал ежегодную прибавку к жалованью – 3 тысячи рублей.
Что же касается комиссии Гирса, то она проработала в регионе почти столько же времени, сколько находился на посту генерал-губернатор М.Г. Черняев.