Однако правда была несколько менее приятной. Приобретенный Абдул-Ахадом вкус к западному образу жизни, по слухам распространявшийся даже на употребление шампанского, вопреки мусульманским законам, не повлиял на исконную нелюбовь к его господам-неверным, хотя было бы неразумно проявлять это чувство на публике. Но по меньшей мере однажды эмира застали врасплох. В 1896 году, когда он находился в России по случаю коронации Николая II, к нему в качестве сопровождающего приставили профессора востоковеда-арабиста арабского происхождения Г.А. Муркоса. Эмир и профессор отлично ладили, пока Муркос не подарил Абдул-Ахаду свою книгу о Дамаске, своем родном городе. Эмир начал ее листать, бегло просматривая арабский текст, как вдруг остановился и воскликнул от изумления, ужаса и недоверия, глядя на страницу, свидетельствовавшую, что в Дамаске живут «христианские псы». Муркос не только подтвердил, что это правда, но и заявил пораженному эмиру, что он один из тех самых христианских псов. Абдул-Ахад замер от удивления и ярости, больше от того, что обнаружил свое истинное отношение к христианам, чем от того, что неверные оскверняют своим присутствием священный Дамаск.
Несмотря на свое стремление не потерять благосклонность России, Абдул-Ахаду в то же время удавалось сохранять видимость независимости, которую сама Россия старательно поддерживала. По иронии судьбы, именно в 1890-х годах, когда Бухара превратилась в полноценный протекторат, и пределы ее автономии сжались еще сильнее, Абдул-Ахад начал вести себя как суверенный правитель независимого государства, и с ним обходились соответственно. Казалось, Россия пытается компенсировать эмиру утраченную власть и, возможно, заверить его подданных, что он по-прежнему их властелин. Во время своих визитов в Петербург эмиру оказывались все почести, подобающие главе государства. В начале 1890-х годов в России перестали обращаться к эмиру «ваше высокостепенство», заменив это обращение на более почетное «ваша светлость». К началу нового века «светлость», в свою очередь, заменили на предназначенное для королевских особ «высочество», которое последний раз использовалось по отношению к бухарскому монарху в 1866 году. В ежегоднике Министерства иностранных дел за 1893-й и все последующие годы бухарский эмир значился в списке царствующих иностранных суверенов и глав государств.
Россия еще больше подняла престиж Абдул-Ахада, наградив его орденами (Святого Станислава, Святой Анны и Белого орла) и присвоив ему почетные военные звания (генерал кавалерии, адъютант императора, атаман Терского казачьего войска и командир Пятого оренбургского казачьего полка). Важным инструментом в создании иллюзии суверенности эмира было политическое агентство. После того как в 1902 году сменили Игнатьева, политические агенты не имели такого влияния на эмира, как их предшественники, но не потому, что они слишком узко воспринимали свою функцию, а потому, что важные изменения в русско-бухарских отношениях, происходившие в 1880-х и 1890-х годах, стали свершившимся фактом, и теперь Министерство иностранных дел делало акцент на укрепление власти эмира. Преследуя эту цель, Петербург откровенно обсуждал с эмиром по меньшей мере два из трех последних назначений на должность политического агента, а сами назначенцы были второстепенными дипломатами уровня генерального консула, не имевшими опыта работы в Центральной Азии, которые наверняка не стали бы разговаривать с эмиром надменным тоном.
Абдул-Ахад не преминул воспользоваться озабоченностью русских по поводу сохранения его власти. Когда в 1891 году политический агент переехал в Новую Бухару, Россия попыталась уговорить эмира перебраться из его старого дворца в цитадели в новый, построенный по европейскому образцу, который намеревались построить в русском поселении рядом с политическим агентством, чтобы облегчить и сблизить их отношения. Дворец был построен и обошелся в 200 000 рублей, но эмир не спешил переезжать, а Россия не настаивала, так что дворец оставался пустым, и его постепенное разрушение стало свидетельством независимости Абдул-Ахада. Более существенным стал отъезд эмира из столицы в Кермине, где он провел весь 1897 год. Там эмира от ближайших русских отделяли многие мили, и политический агент был вынужден вести дела с кушбеги, который оставался в цитадели Бухары. Впоследствии Абдул-Ахад принимал политического агента, только когда хотел, обычно всего несколько раз в год в Кермине по официальным поводам.