Строители Московского царства в XVI в. и книжники их времени опирали то представление о православном Московском царстве, которое заняло столь большое место в мировоззрении царя Алексея, на определенной мысли о значении Москвы в истории человечества. Москва – Третий Рим, последняя столица христианской мировой монархии, последнее хранилище истинной вселенской веры; она будет стоять до страшного дня судного, ее падение возможно только в связи с теми апокалипсическими бедствиями, какие предсказаны на последние времена жизни мира сего. Эта прегордая национальная мечта подверглась тяжкому испытанию в годину Смуты, когда вообще русским людям пришлось пережить перелом многих привычных воззрений. Смута в жизни государственной и общественной неизбежно сопровождалась смутой в мыслях и чувствах московских людей, выбитых из привычного уклада политических и бытовых отношений. Мысль, возбужденная резкими впечатлениями переживаемых событий, упорно искала ответа на вопрос об их причинах и, по всему укладу тогдашней духовной жизни, приходила к выводу о каре Божьей, которой Господь наказует грешных людей Московского государства, исчерпавших своими сквернами Его долготерпение. Покаянное и обличительное настроение охватило широкие общественные круги. Русские люди «измалодушествовались», потеряли уверенность в устоях своего быта и поведения, видя «разруху» привычного строя всей своей общественной жизни. Москва разорена, унижена, попала в руки врага, предалась ему. Пал Третий Рим, и жуткая мысль, что настают «времена последние», охватила взбаламученную совесть и сбитые с привычных путей умы. Карающая десница Господня слишком тяжко опустилась на русских людей, чтобы могли они усомниться в тяжести греховной вины своей и не задуматься над ее проявлениями в своем общественном и частном быту. Отсюда два течения московской мысли XVII в., определившие ряд ее исканий в церковной жизни и в быту общественном.
Когда миновала «великая разруха», пришло время восстановления не только внешнего порядка. В общественной жизни московской поднялся ряд церковных и религиозно-нравственных вопросов, сильно волновавших особенно те поколения, которые выступают на сцену с 30-х гг. XVII в.
К тому времени церковное управление было восстановлено, подобно государственному, и в том же духе усиления центральной власти и ее приказных органов. «Великий государь», святейший патриарх Филарет, создал систему патриарших приказов, по образцу светских, сосредоточил в них суд и расправу над всем духовенством и всеми церковными людьми, установил нелегкую систему тягла приходского духовенства, платившего пошлины и подати с земель, с треб и со всякого дохода в патриарший Казенный приказ. Высоко поднял патриарх Филарет значение патриаршего сана, как отец государя и его соправитель, управляя властно церковными и земскими делами. Но и в области церковной жизни, как в государственной, внешнее восстановление организации сопровождалось сознанием необходимости пересмотреть и уяснить ряд вопросов, в которых старые традиции уже не соответствовали новым условиям, старые отношения – назревшим потребностям. Испытания Смутного времени в значительной мере пошатнули старую московскую самонадеянную исключительность, и перед Русской церковью стал, в связи с ее внутренним состоянием и отчасти с международными делами, вопрос об ее отношениях к православным церквам Греции и Юго-Западной Руси. Постепенно подготовлялось то сближение с ними, которое в дни царя Алексея окончательно взяло верх над острым недоверием к чистоте их вероисповедной и церковной традиции. К такому сближению приводили разные мотивы. С одной стороны, самый идеал Московского царства издавна побуждал дорожить ролью покровителей православия на греко-турецком Востоке, тем более что она переплеталась с давними культурными отношениями к южному славянству; в официальных кругах ожило с новой силой представление об этой «вселенской» роли Москвы, и его усердно поддерживали греки – ходатаи о милостыни царской. Так, в 1649 г. иерусалимский патриарх Паисий, приехав в Москву, приветствовал царя Алексея пожеланием, чтобы Бог сподобил его «восприяти превысочайший престол великаго царя Константина», а патриарха Никона «освящати соборную апостольскую церковь Софию»; вторили ему и другие, поддерживая в царе Алексее мечту о византийском наследстве, которая была так родственна его воззрениям на свое царство как на орудие Божьего правления на земле. По отношению к Южной Руси в том же направлении действовали, наряду с церковно-религиозными и национальными, мотивы политические, но в малороссийском вопросе царь Алексей особенно резко выдвигал вероисповедную тенденцию против тех из своих советников, кто удерживал от борьбы с Польшей за Украйну.