10 марта в адрес военно-морского министра пришло последнее сообщение от командира специального морского радиоотряда в Николаевске-на-Амуре, переданное через радиостанцию партизан: «24 февраля от Красной армии поступило предложение заключить соглашение во избежание дальнейшего кровопролития. Радиоотряд, в тот же день прекративший сопротивление и начавший реализовывать с полудня 28 февраля соглашение о перемирии, после совещания с командованием наших армейских частей приступил к исполнению обязанностей по охране императорского консульства. 27 февраля, накануне прихода Красной армии в город, весь личный состав переместился в здание консульства, продолжая нести охранную службу. 29 февраля красноармейцы вошли в город, было объявлено об учреждении рабоче-крестьянского революционного правительства, на каждой двери появились красные флаги, а жители города, размахивая ими, горячо приветствовали вошедших. В составе Красной армии замечено большое количество китайцев и корейцев. После её вхождения было арестовано много бывших военнослужащих и чиновников. Комендант крепости, начальник её штаба и ещё 23 офицера покончили жизнь самоубийством. В связи с эвакуацией 7 февраля в Николаевск были сожжены служебные здания, амуниция, запасы продовольствия, денежные средства, секретные справочники и шифровальные книги. В боях погибли 2 солдата, был тяжело ранен инженер-капитан-лейтенант Сакакибара (в результате проникающего штыкового ранения в живот скончался в армейском госпитале в 23.00 13 февраля), легко ранены по 1 солдату и матросу»[544].
О том, что произошло дальше с гарнизоном Николаевска, стало известно только после прибытия туда японских канонерок в июне. А события развернулись по самому неблагоприятному для японцев сценарию: опьянённые безнаказанной властью, тряпицынцы начали зачистку города от «буржуазного элемента», попутно творя грабежи и насилие. В 16.00 11 марта штаб Тряпицына отправил ультиматум командованию японского гарнизона с требованием разоружиться до 12.00 следующего дня, что противоречило условиям мирного соглашения от 28 февраля. Понимая, что за этим последует, в 2.00 ночи 12 марта японский гарнизон предпринял отчаянную попытку уничтожить штаб партизан, захватить орудийные замки и боеприпасы противника, а также освободить из тюрьмы заключённых, однако из-за значительного перевеса в силах тряпицынцев практически полностью был уничтожен. Капитан 3-го ранга Миякэ Синго покончил жизнь самоубийством. Оставшиеся в живых японские военнослужащие и колонисты были взяты в плен партизанами, но затем убиты ими во время оставления города в мае 1920 г.[545]
19 марта вице-консул в Петропавловске-Камчатском Сиода Ясохати проинформировал МИД о том, что, согласно полученной предыдущим днём телеграмме из Николаевска, в результате яростного боестолкновения между «экстремистами» и японским гарнизоном погибло порядка 700 военнослужащих и колонистов, ещё 100 было ранено, а помещения вице-консульства, штаба отряда и жилища соотечественников целиком сожжены. Спустя два дня информацию о бое японского гарнизона с тряпицынцами штабу ВЭА доложил начальник японской военной миссии в Хабаровске полковник Гоми Тамэкити, который получил её от сбежавшего из города русского закупщика[546].
Ситуация в Николаевске всё ещё оставалась неясной для японского правительства. Опасения за жизнь соотечественников наслоились на образование 30 марта на базе Приморской областной земской управы Временного правительства Дальнего Востока, официально не являвшегося советским, но объявившего о распространении своей власти на Приморскую, Амурскую, Сахалинскую и Камчатскую области, и окончание вывода 2 апреля из Владивостока американских войск. Поэтому 31 марта кабинет министров Японии опубликовал декларацию, в которой разъяснил, что, хотя он привержен своему обязательству вывести войска из Сибири после завершения эвакуации белочехов, однако из-за сложившейся в регионе обстановки сделает это, «когда в соседних с Японией странах установится спокойное, прочное положение и угроза для Маньчжурии и Кореи исчезнет, когда жизнь и имущество японских подданных в Сибири будут в безопасности и свобода передвижения и сообщения обеспечены». 2 апреля старший штабной офицер ВЭА генерал-майор Такаянаги Ясутаро и начальник владивостокской ЯВМ полковник Идзомэ Рокуро вступили в переговоры с Временным правительством о беспрепятственном пребывании императорской армии на Дальнем Востоке, гарантиях безопасности японской колонии и прекращении деятельности направленных против них тайных организаций[547]. 4 апреля правительство А.С. Медведева приняло эти условия.