Однако 5 апреля контр-адмирал Кавахара Кэсатаро доложил военно-морскому министру и начальнику МГШ о начавшихся в 22.15 предыдущего дня боестолкновениях между японской и российской армиями во Владивостоке, возложив ответственность за развязывание конфликта на русскую сторону. Хотя боевые корабли и суда Сибирской флотилии непосредственного участия в боевых действиях не принимали, Кавахара отдал приказ отряду морской пехоты с линкора «Хидзэн» разоружить их. К 13.00 5 апреля вооружение было снято с 11 эсминцев, 1 канонерской лодки и 3 вспомогательных судов Сибирской флотилии, а примерно 300 членов их экипажей были отконвоированы в расположение 13-й пехотной дивизии[548]. Аналогичный приказ о разоружении войск хабаровского гарнизона совместно с 14-й пехотной дивизией получил командир специального морского экспедиционного отряда контр-адмирал Накамура Масаки.
Одновременно с эскалацией напряжённости в Приморье и Приамурье приближалась развязка трагических событий в Николаевске-на-Амуре.
18—19 апреля экспедиционный отряд полковника Тамон Дзиро погрузился в Отару на борт сторожевого корабля 2-го класса «Мисима» и линкора «Микаса» и 22 апреля прибыл в Александровск-Сахалинский, оккупировав его. Не располагая информацией о николаевских событиях, японское командование развернуло 1 мая 1920 г. на базе 7-й пехотной дивизии усиленный Северо-Приморский экспедиционный отряд (5 пехотных батальонов, 1 горно-артиллерийский дивизион) во главе с генерал-майором Цуно Кадзусукэ и подчинило ему части Тамон. После окончания ледостава в Татарском проливе 13 мая линкор «Микаса» доставил передовой отряд (2 пехотные роты и инженерно-сапёрный взвод), в состав которого входил Минодзума, из Александровска-Сахалинского в Де-Кастри. Через несколько дней подразделение убыло в Николаевск.
Одновременно для оказания помощи Северо-Приморско-му экспедиционному отряду и спасения японской колонии в Николаевске был задействован специальный морской экспедиционный отряд. Его командир контр-адмирал Накамура Масаки оставил в Хабаровске канонерку «Вотяк», погрузил на канлодки «Шквал», «Бурят», «Монгол», 2 транспортных судна, 1 судно связи и 5 барж две роты 14-й пехотной дивизии и 17 мая вышел в низовья Амура. 23 мая, после ожесточённого боя с партизанами, сводный отряд захватил Софийск, затем соединился с передовыми подразделениями полковника Тамон и 3 июня вошёл в Николаевск-на-Амуре, где не обнаружил ни одного выжившего колониста.
Реальная картина николаевского инцидента – практически полное уничтожение города и его населения – вызвала шок в японском обществе. Воспользовавшись этим, 29 июня правительство Японии приняло решение об оккупации Северного Сахалина в качестве компенсации за николаевский инцидент. В опубликованном 3 июля заявлении кабинета министров говорилось, что японские войска останутся на острове до тех пор, пока «не будут возмещены все убытки от николаевского инцидента правительством, признаваемым Японией». Параллельно подтверждался вывод императорской армии из Забайкалья и её временное пребывание во Владивостоке и Хабаровске «до того времени, пока [там] не будет восстановлена устойчивая и мирная обстановка»[549].
Оставленный специальным отрядом в Хабаровске «Вотяк» совместно с частями 14-й пехотной дивизии 18 мая – 16 июня вёл боевые действия против краснопартизанских отрядов, заставив их отступить в Амурскую область, а после заключения перемирия решал задачи по охране водного района базы и сбору разведывательной информации об обстановке в Хабаровске, докладывая её непосредственно военно-морскому министру и начальнику МГШ. В начале июля 1920 г. командование специального морского экспедиционного отряда получило приказ о расформировании и возвращении на Родину. 14-го числа основная часть личного состава прибыла в Майдзуру. «Вотяк» покинул Хабаровск и 23 августа присоединился к находившимся в Николаевске канонеркам[550].