В начале мая 1962 года его принял первый заместитель Прокурора РСФСР Кравцов. Борис Васильевич выслушал взволнованного и нервного посетителя, посмотрел документы, принял от него жалобу и пообещал еще раз во всем тщательно разобраться. Поскольку Исаков указывал на наличие имеющихся у него каких-то новых документов, подтверждающих его правоту и ранее не исследованных судом, Кравцов приостановил исполнение решения народного суда и поручил прокуратуре Дагестанской АССР в порядке надзора еще раз проверить дело.
Однако Исаков никаких дополнительных материалов не представил, и вскоре приостановление исполнения решения суда было Прокуратурой РСФСР отменено. Исаков вновь принялся «бомбардировать» своими жалобами Прокуратуру СССР и редакции газет, вплоть до «Пионерской правды».
В этот период в личных записях Исакова и в его устных высказываниях стали все явственнее звучать намерения убить Кравцова, а также председателя колхоза Гильядова.
4 сентября 1964 года Верховный суд Дагестанской АССР рассмотрел в порядке надзора гражданское дело по иску Хаимова и еще раз подтвердил правильность вынесенного дербентским судом решения. После этого Исаков решил привести в исполнение свой замысел об убийстве Кравцова. Он откопал спрятанный им еще в 1946 году недалеко от дома револьвер системы «смит-вессон», калибра 8,3 мм. В апреле 1964 года он приобрел для него у каких-то военнослужащих шесть боевых патронов от револьвера системы «наган». Прихватив с собой револьвер и патроны, 6 сентября Исаков выехал в Москву.
В столице он остановился в четвертом корпусе гостиницы «Ярославская» и вновь стал обивать пороги партийных и советских органов, везде оставляя многочисленные заявления и жалобы. Одновременно установил наблюдение за Кравцовым у здания Прокуратуры РСФСР, отмечая, когда он приезжает на службу и уезжает домой. 25 сентября он появился в приемной Прокуратуры РСФСР и настаивал на повторном приеме его Кравцовым. Ему резонно ответили, что оснований для этого никаких нет, а определение Верховного суда Дагестанской АССР от 4 сентября он может обжаловать в Верховный суд РСФСР. Исаков ушел из приемной, высказывая угрозы.
На другой день утром, выпив четвертинку водки, Исаков отправился в Прокуратуру РСФСР, где появился в восемь часов пятнадцать минут.
Аппарат Прокуратуры РСФСР начинал в те годы работу в 9.30 утра. Кравцов всегда приезжал заблаговременно. И на этот раз его служебная «Волга» остановилась на улице Жданова у дома № 9 примерно в 8 часов 30 минут. Борис Васильевич, не спеша, вышел из нее и направился к подъезду прокуратуры, выходящему на Кузнецкий мост. Не успел он взяться за ручку массивной двери, как услышал резкий хлопок и сразу же за этим почувствовал сильный удар в правое плечо. Обернувшись, Борис Васильевич увидел человека, который хладнокровно целился в него. Над стволом направленного в прокурора револьвера еще висел дымок от выстрела.
Преступник стрелял в спину. Вот-вот должен был грохнуть второй выстрел. Но его не последовало, благодаря мгновенной реакции шофера Карпова.
Рассказывает Юрий Карпов:
«Только захлопнулась правая передняя дверь автомашины, прошло, по моему мнению, не более тридцати секунд, я еще не успел выключить мотор, как вдруг неожиданно раздался громкий выстрел. Я сразу не понял, что это был выстрел из револьвера, и вначале подумал, что это выстрел из глушителя моей автомашины. Я мгновенно дернул за ручку капота и одновременно взглянул в лобовое стекло автомашины. С правой стороны крыла моей автомашины на середине тротуара, я увидел незнакомого мужчину, одетого в темно-синий плащ. В левой руке он держал сумку черного цвета, а в правой руке какой-то предмет, завернутый в тряпку. Стоял мужчина так, что я хорошо видел его руки и потому запомнил хорошо, что он держал в руках. Одновременно с этим я из лобового стекла машины увидел заместителя прокурора РСФСР Кравцова Б. В., который обернулся лицом к мужчине, они находились друг от друга примерно на расстоянии не более четырех метров… Мужчина, который стоял недалеко от моей автомашины, стал приподнимать правую руку с предметом, завернутым в тряпку. Меня сразу же пронзила мысль, что это он стрелял и снова намеревается выстрелить. Он немного повернулся в сторону, где находился Кравцов. Я мгновенно выскочил через правую дверь из автомашины, подбежал к мужчине, который стоял от машины не более чем в полутора-двух метрах и схватил за предмет, который мужчина держал в протянутой в сторону Кравцова Б. В. руке. Только в этот момент я понял, что в руке у мужчины находится оружие, из которого он стрелял в Кравцова Б. В. В моей левой руке оказался ствол оружия, завернутого в тряпку… Вторично мужчина выстрелить не смог, т. к. я вывернул у него оружие. Оно оказалось у меня в левой руке, держал я его за ствол».
А в это время к Карпову уже спешил водитель другой машины. Вместе они скрутили преступника и отдали его в руки милиционера, дежурившего в этот день в прокуратуре республики и уже выскочившего из здания.