Первый свой классный чин, младшего юриста, Трубин получил в августе 1954 года, а на следующий год стал юристом 3-го класса.
Нередко служба была сопряжена с определенным риском, так как в лагере случались и неповиновение, и массовые беспорядки, и тяжкие преступления. Работать ему приходилось, что называется, «в зоне».
Николай Семенович вспоминает:
«Запомнилось первое дело, по которому мне пришлось вести расследование, а после поддерживать обвинение в лагерном суде. Это было дело об убийстве заключенного Чернова, квалифицированное как лагерный бандитизм. По нему уже был приговор, шестеро обвиняемых приговорены к расстрелу, но Верховный суд СССР этот приговор отменил и направил дело на новое расследование, которое и было поручено мне, молодому 22-летнему помощнику прокурора. Не скрою, страшновато было встречаться с обвиняемыми, биографии которых изобиловали многими судимостями и отмечены званием „вор в законе”… Но постепенно смущение улеглось, сменилось деловым стремлением к установлению истины. Михайлов, Козловский, Гришичев и их коллеги, всего 6 человек, обвинялись в убийстве „вора в законе” Чернова, заподозренного ими в измене „воровским” традициям, а проще – в „стукачестве”. Сложность доказывания обвинения заключалась в том, что данное убийство брал на себя заключенный Юсупов, который ночью пришел на КПП с двумя ножами, окровавленными руками и заявил о совершенном им убийстве в состоянии необходимой обороны, объяснив множественность ранений состоянием аффекта (,Чернов напал на меня с ножом, я отобрал у него нож и ударил, а когда он упал, взял другой нож и со злостью колол его в грудь лежачего, пока он не умер”).
На следующий день на допросе Юсупов сообщил, что фактически убийство совершили другие люди, перечислил их фамилии, изложил обстоятельства совершения убийства и последующего поручения ему как впервые осужденному взять преступление на себя, а некоторым другим очевидцам – быть свидетелями нападения Чернова на Юсупова и убийства Юсуповым Чернова. Эта вторая версия Юсупова и была положена в основу обвинения при первоначальном расследовании и судебном рассмотрении дела, однако в достаточной степени она не была проработана, в собранных доказательствах оказалось много противоречий. В ходе нового расследования пришлось передопросить всех обвиняемых и свидетелей, провести очные ставки, организовать эксгумацию и повторное исследование трупа, перепредъявить обвинение, ознакомить обвиняемых и их адвокатов с материалами дела.
Поддерживая обвинение по этому делу при повторном его рассмотрении лагерным судом, я предложил определить всем обвиняемым по 10 лет лишения свободы, в пределах санкции ст. 136 УК РСФСР 1922 года. Однако суд, применив Указ Президиума Верховного Совета СССР от января 1953 года „Об усилении борьбы с лагерным бандитизмом", назначил всем им наказание в виде 25 лет лишения свободы. Так „зрелый" суд поправил „незрелого" прокурора. Но Верховный суд СССР, который был в то время второй инстанцией для лагерных судов, изменил приговор, снизив срок лишения свободы для всех осужденных до 10 лет. С подобными курьезами в дальнейшем я не встречался».
Активность, настойчивость и трудолюбие молодого юриста вскоре были замечены. Не достигший еще и 25-летнего возраста Николай Трубин стал прокурором Усть-Цилемского района.
Село Усть-Цильма находилось в приполярной тайге на реке Печоре. Часть района простиралась даже в Заполярье. Здесь Трубин жил и работал более четырех лет.
Но его пятилетний сынишка Сергей заболел, и врачи настойчиво рекомендовали Трубину переменить место жительства. Условия Крайнего Севера неблагоприятно сказывались на здоровье мальчика. Тогда Трубин обратился с просьбой к руководству Прокуратуры РСФСР о переводе его на работу в район юга или средней полосы России.
В июне 1960 года Н. С. Трубин покинул Республику Коми, где он прожил семь лет, и выехал в Краснодар. В августе 1961 года Трубин возглавил прокуратуру Новотитаровского района. Не
прошло и двух лет, как он был выдвинут на работу в аппарат краевой прокуратуры. В марте 1963 года он становится прокурором следственного отдела, а уже в августе – старшим помощником прокурора края по кадрам.
В сентябре 1964 года ему присвоили очередной классный чин советника юстиции.
Трубина всегда больше привлекала та сторона деятельности прокуратуры, которая была связана с расследованием преступлений. В январе 1966 года Николай Семенович возглавил следственный отдел прокуратуры края. В этой должности он задержался дольше всего – шесть лет.
В январе 1972 года Трубин перешел в центральный аппарат Прокуратуры СССР. Взяли его с явным «прицелом» на выдвижение.