Он был вхож в тогдашние «звездные круги» – вращался среди писателей, артистов, художников, ученых, спортсменов, политиков. Гонорары получал немалые – хватило и на машину «Победа», доступную для немногих избранных, и на двухэтажную дачу в Серебряном бору, и на богатый гардероб. Образ жизни вел довольно свободный, хотя был женат. Меж московских интеллектуалов после войны ходила стихотворная байка: «На берегах литературы пасутся мирно братья Туры, и с ними, заводя амуры, Лев Шейнин из прокуратуры».
Тучи над его головой начали сгущаться в конце 1940-х годов. В 1949 году его освобождают от должности, не объясняя причин. Обещали поставить директором Института криминалистики, но назначение так и не состоялось. Шейнин выжидает, сидя дома, занимается литературой, но почву зондирует постоянно. Наверняка он знал, что ему грозит – на одной из вечеринок подвыпивший сотрудник «органов» сболтнул: «Эх, Лева, Лева, старый уголовник, умная у тебя башка, но все же мы за тебя взялись». Незадолго до ареста то же самое он услышал от знакомого драматурга – один из сотрудников госбезопасности посоветовал тому держаться подальше от Шейнина, «которого скоро посадят».
В то время, особенно после гибели Михоэлса, власти усиленно будировали так называемый еврейский вопрос. Для того чтобы его раскрутить, следовало найти «заговорщиков». Шейнин оказался очень кстати – прокурор, писатель, он имел весьма обширные связи в еврейской среде.
К тому же все знали, что хитрый и осторожный Шейнин был изрядно труслив. Не было секретом, что этот «любитель ночных бдений» сам панически боялся допросов с пристрастием. По свидетельству знакомых, человеком он был нестойким, ненадежным, способным изменить взгляды и привязанности в любой момент.
Его арестовали 19 октября 1951 года. В постановлении на арест указывалось: «Шейнин изобличается в том, что, будучи антисоветски настроен, проводил подрывную работу против ВКП(б) и Советского государства. Как установлено показаниями разоблаченных особо опасных государственных преступников, Шейнин находился с ними во вражеской связи и как сообщник совершил преступления, направленные против партии и советского правительства». Арест санкционировал Генеральный прокурор Союза ССР Г. Н. Сафонов.
В дальнейшем прокуратура принимала участие в этом деле чисто символически – с ее стороны было лишь ежемесячное продление срока ареста и один-два допроса, учиненных помощником военного прокурора. Можно сказать, что Прокуратура СССР бросила на произвол судьбы своего сотрудника, отдавшего следственной работе 27 лет жизни. Сам Шейнин связывал все происшедшее с происками Абакумова, хоть тот и сам уже находился в тюрьме. В конце 1949 года Шейнин со своей командой занимался расследованием причин пожара на даче Ворошилова и установил халатность органов безопасности, отдав виновных под суд. После этого Абакумов не раз отпускал в адрес Шейнина невнятные угрозы и намеки.
Дело Шейнина тянулось два года – другие, даже гораздо более сложные, заканчивались гораздо быстрее. Допросы перемежались очными ставками, дело пухло и к концу насчитывало уже семь солидных томов. Семь старших следователей МГБ по особо важным делам принимали в нем участие. Шейнину пришлось выдержать около 250 допросов, в основном ночных, во время которых его шантажировали, оскорбляли, грозили побоями. За «провинности» лишали прогулок, книг, передач. Больше года ему пришлось пробыть в одиночке, шесть дней его продержали закованным в наручники. К концу следствия, по его словам, запас «нравственных и физических сил был исчерпан».
В первый год ведения дела усиленно раскручивался так называемый еврейский заговор. Шейнин тогда «выдал» всех и вся. Эренбург, братья Тур, Штейн, Крон, Ромм, Б. Ефимов, Н. Рыбак – все они якобы вели с ним «националистические» беседы. Вот типичный образчик стиля его показаний:
«Эренбург – это человек, который повлиял, может быть в решающей степени, на формирование у меня националистических взглядов». Он обвинял Оренбурга в разговорах о том, что «в СССР миазмы антисемитизма дают обильные всходы и что партийные и советские органы не только не ведут с этим должную борьбу, но, напротив, в ряде случаев сами насаждают антисемитизм», что советская пресса замалчивает храброе поведение евреев во время Великой Отечественной войны, что к евреям отношение настороженное и т. д.
Задачей следователей было расширить круг подозреваемых «еврейских националистов», поэтому от Шейнина требовали показаний даже на Утесова, Блантера, Дунаевского, Шостаковича. В своем письме министру госбезопасности Игнатьеву Шейнин писал: «Следователь пошел по линии тенденциозного подбора всяческих, зачастую просто нелепых данных, большая часть которых была состряпана в период ежовщины, когда на меня враги народа… завели разработку, стремясь меня посадить как наиболее близкого человека А. Я. Вышинского, за которым они охотились». Другое письмо он отправил на имя Л. П. Берии: «…Вымогали также от меня показания на А. Я. Вышинского».