Перед новым Генеральным прокурором вставала неимоверно трудная задача – нужно было повернуть деятельность органов прокуратуры в русло законности и правопорядка, но конечно же в свете тех требований, которые выдвигались тогда ЦК.
Но среди множества дел, которыми ему приходилось заниматься в первые месяцы после своего назначения, главным все же было расследование дела Берии.
Руденко подобрал группу квалифицированных следователей и прокуроров. Во всех следственных действиях принимал участие также командующий войсками Московского военного округа генерал армии К. С. Москаленко. Вот что он писал:
«29 июня 1953 г. ко мне прибыл Генеральный прокурор т. Руденко Роман Андреевич, и мы вместе с ним в течение шести месяцев день и ночь вели следствие. Основной допрос вел Руденко, часто и я задавал Берии вопросы. Следствие велось долго, трудно и тяжело. Ведь к Берии никаких физических или психологических методов не применялось, никто ему ничем не угрожал. Показания он давал только после улик, при представлении ему документов за его подписью или с его резолюцией, и только после полного изобличения он сознавался…»
Следствие проводилось в подземном бункере (командном пункте) штаба Московского военного округа. Бункер представлял собой хорошо оборудованное (в том числе всеми средствами связи и жизнеобеспечения) помещение из нескольких комнат. Берия поместили в одну из них, площадью 10–12 квадратных метров, из которой предварительно все вынесли, оставив лишь койку да табурет.
Наиболее просторную комнату отвели для Генерального прокурора, в которой он и проводил все следственные действия.
Это дело было настолько одиозным, что власти не могли полностью довериться даже Генеральному прокурору. Проводить обыск в служебном помещении Берии в Кремле Маленков поручил не Роману Андреевичу, а своим доверенным лицам: секретарю ЦК КПСС Н. Н. Шаталину, бывшему помощнику, а в то время заведующему канцелярией Президиума ЦК партии Е. Н. Суханову и заместителю заведующего административным и торгово-финансовым отделом ЦК КПСС А. Л. Дедову.
Маленков, вероятно, опасался, что во время обыска могут быть найдены компрометирующие его документы.
Как и в былые времена крупных сталинских процессов, еще до начала следствия были опубликованы партийные и государственные решения по делу Берии, которые предопределяли его виновность, а именно постановление июльского (1953 г.)
Пленума ЦК КПСС и Указ Президиума Верховного Совета СССР, в котором содержались и правовые оценки деяний бывшего министра внутренних дел СССР. Следствию и суду как бы предлагалось лишь облечь в «юридическую упаковку» партийные директивы.
В сентябре 1953 года Руденко представил в Президиум ЦК КПСС проект обвинительного заключения по делу Берии и его соучастников, хотя следствие все еще шло полным ходом. Рассмотрение его состоялось 17 сентября.
Присутствовали Хрущев, Маленков, Булганин, Молотов и некоторые другие члены Президиума. Докладывал Генеральный прокурор. Было внесено немало «ценных» поправок и предложений. Члены Президиума ЦК, как заправские следователи, формулировали обвинение, излагали доказательства и т. п.
Было решено доработать обвинительное заключение в течение двух недель (срок явно нереальный, учитывая, что следствие даже и не приближалось к концу). Для того чтобы усилить партийное влияние при окончательной отшлифовке этого процессуального документа, поручили Суслову, тогдашнему секретарю ЦК КПСС и члену Президиума «принять участие как в подготовке Генеральным прокурором СССР проекта обвинительного заключения по делу Берии, так и проекта сообщения от Прокуратуры СССР».
Одновременно Руденко было поручено внести предложения о составе специального присутствия Верховного суда СССР. Другими словами, прокурор должен был определить судей для предстоящего процесса!
Президиум ЦК решил, что дело по обвинению Берии и его соучастников должно рассматриваться в закрытом судебном заседании, без участия сторон, то есть на него не допускались ни обвинители, ни защитники. Таким образом, прения сторон по делу сразу же исключались.
Спустя два месяца после этого следствие было завершено. Материалы составили почти 40 томов. Одно обвинительное заключение было более чем на ста страницах.
10 декабря 1953 года Президиум ЦК КПСС на своем заседании утвердил проект обвинительного заключения по делу Берии, Меркулова, Деканозова, Кобулова, Гоглидзе, Мешика и
Влодзимирского, текст сообщения вестника «В Прокуратуре СССР», а также проект указа Президиума Верховного Совета СССР об образовании и составе Специального судебного присутствия для рассмотрения дела по обвинению Берии и его соучастников.