Приняв во внимание перенесенные ранения и учитывая прекрасные воинские качества, командование предложило штабс-капитану Лебедеву продолжить службу инструктором в запасных пехотных полках МВО. Он выбрал Кострому, куда вскоре и прибыл с группой кадровых офицеров — «для налаживания подготовки пополнения для армии». Офицерство 88-го пехотного запасного полка костромского гарнизона заметно отличалось от фронтового отсутствием боевого опыта и реакционными настроениями. Тем не менее, и здесь В. Н. Лебедев нашел немало единомышленников. Еще до февральских событий 1917 года его знали в гарнизоне как офицера с левыми убеждениями, когда же произошел переворот, он, подобно многим другим командирам, самостоятельно вывел подчиненную ему часть к зданию городской управы и включился в работу по созданию органов власти Временного правительства. Под давлением военнослужащих в Костромской губернский объединенный комитет общественной безопасности (КГОКОБ — орган власти Временного правительства в губернии) вошли офицеры и солдаты костромского гарнизона, В КГОКОБе были созданы различные комиссии. Военную комиссию возглавил штабс-капитан В. Н. Лебедев. Первым шагом нового ведомства было временное отстранение от власти и должностей начальника гарнизона, командира 88-го пехотного полка полковника Б. Н. Владычека и костромского воинского начальника полковника Васильева. Эта мера позволила избежать эксцессов и в конечном итоге спасла жизнь бывшим командирам, способствовала мирному переходу власти в руки Временного правительства.
Вскоре в Костроме состоялось расширенное заседание Совета рабочих депутатов, Совета крестьянских депутатов, КГОКОБа и других общественных организаций. И «левые» и «умеренные» приняли постановление: на должность руководителя военной комиссии, которую занимал В. Н. Лебедев, избрать прапорщика 88-го пехотного запасного полка товарища С. Ф. Фоминского, а бывшего руководителя военной комиссии товарища Лебедева избрать губернским комиссаром Временного правительства и поручить ему возглавить работу КГОКОБа.
Приложив все усилия к сохранению дисциплины в гарнизоне, порядка в губернии, сумев избежать «избиения» офицеров и бывших полицейских, Лебедев понял, что не в состоянии справиться со всеми теми проблемами, которые легли на его плечи. Ему приходилось круглосуточно контролировать всю хозяйственную жизнь в городе и уездах, политическую, общественную, военную обстановку, положение с продовольственным снабжением. Особого внимания требовали проблемы роста преступности, антисанитарии, нужды военных госпиталей (число которых постоянно росло), деятельности национальных меньшинств, культуры, образования, церкви. Ему остро не хватало знаний, опыта, а подчас и воли в принятии решений.
Спустя два месяца после избрания В. Н. Лебедев попросил отпустить его с поста губернского комиссара, чтобы вернуться к своей привычной военной службе.
В начале мая он передал свои полномочия присяжному поверенному, одному из лидеров костромских эсеров Н. А. Козлову.
Октябрьскую революцию В. Н. Лебедев не принял, но и противостоять ей не решился. Новый поворот в его жизни произошел в 1918 году, когда, откликнувшись на призыв генерала А. Брусилова защитить родину от польских интервентов, он, как и тысячи других офицеров, покинувших на тот момент части, пошел добровольцем в действующую, теперь уже Красную, армию. В числе первых ополченцев попал на западный фронт. В тяжелых боях среди украинских степей был ранен и направлен на лечение в тыл. Сменив несколько госпиталей, вернулся в Кострому. Политика его по-прежнему не интересовала, он пытался найти работу, чтобы прокормить семью. По всей видимости, в это время Лебедев не раз получал предложения примкнуть к контрреволюционным офицерским кружкам, однако никаких сведений о том, что он принял эти предложения, нет.
Тем не менее, костромская ЧК арестовала В. Н. Лебедева по подозрению в принадлежности к офицерской организации — Союзу спасения Родины и связях с Всероссийским национальным центром. За недоказанностью обвинения В. Н. Лебедева освободили. После нескольких месяцев, проведенных в заключении, бывший губернский комиссар Временного правительства оказался вновь без работы.
Тяжелое экономическое состояние семьи и болезни заставили В. Н. Лебедева покинуть Кострому и уехать домой, к своим родственникам, в Кологривский уезд.
В 1922 году семья вернулась в Кострому. Бывшие сослуживцы Лебедева помогли ему устроится на курсы красных командиров. Вскоре он возглавил Пехотные курсы и 1-й территориальный отряд Красной армии, потом работал в губвоенкомате. Спустя год В. Н. Лебедев был демобилизован из армии по состоянию здоровья. Работал в различных учреждениях: агентом по закупке продовольствия, контроллером зерносклада, инспектором санитарной станции и т. д.
1927 год стал для В. Н. Лебедева годом испытаний. Его арестовали по подозрению в принадлежности к подпольному Обществу Белого Орла.