С утра 18/31 августа красные части получили новые указания. Одна часть должна была преследовать отступающие части десанта своими главными силами по тракту на Ачуев и в обход через хутора Федина— Бойко и далее вдоль берега моря на гирло Мельниковское с задачей воспрепятствовать погрузке на суда. Конная группа с пехотой направлялась на борьбу с Таманским десантом. Отряд Ковтюха должен был преследовать десант в направлении поселок Черноморский – Ачуев и очищение от него района Темрюк – Ачуев. Согласно этому указанию, красные в течение 18/31 августа несколько раз безуспешно атаковали укрепленные позиции десанта у хутора Протока. Последние представляли собой дефиле между рекой справа и непроходимыми плавнями слева шириной 60–70 метров, перерытое окопами и занятое пехотой десанта (Алексеевским полком) с семью пулеметами, тремя бомбометами и двумя гаубицами в тылу, которые, к сожалению, 23 августа (5 сентября) снялись с позиции и ушли на погрузку, не предупредив пехотное охранение. Армейская оперативная сводка к 23 часам 18/31 августа гласила: «Противник окопался и своим артиллерийским и ружейно-пулеметным огнем нанес нашим частям сильный урон… Наступление временно приостановлено». В этот день советская авиаразведка впервые донесла о подходе к Ачуеву судов из Крыма и начале погрузки.
Днем 19 августа (1 сентября) вся красная артиллерия выбила десантников из окопов у хутора Протока и продвинулась до хуторов, что в 4 км западнее лимана Долгого. Здесь оказалась вторая заблаговременно подготовленная десантом позиция, представлявшая собой новое дефиле шириной около 100 м, между рекой Протокой и плавнями. Позиция была занята частями Полтавского и Алексеевского пехотных полков. По реке Протоке курсировали вооруженные катера десанта. Дни 20–21 августа (2–3 сентября) прошли в упорных, но безуспешных атаках красных по реке Протоке и вдоль берега моря на Ачуев. В ночь с 21-го на 22 августа (3–4 сентября) красные, воспользовавшись происходившей сменой полков десанта, овладели его позицией, и десантники отошли к хутору Слободка, где вновь на сутки задержали красных.
К полудню 23 августа/5 сентября красные, сбив заставы десанта с последних позиций, подошли на 2–3 км к Ачуеву со стороны Гривенской, а со стороны гирла Мельниковского заняли гирло Железняковское. Дальнейшее продвижение красных на обоих направлениях было задержано возросшим сопротивлением заслонов десанта и сильным артиллерийским и пулеметным огнем с его судов. Около 19 часов 25 августа (7 сентября) красные с севера и востока вступили в Ачуев, захватив в плен около 30 человек, не успевших погрузиться на суда, и обнаружили на море уходящую флотилию десанта.
Затяжной характер и незначительность результатов преследования десанта объясняются запоздалостью его организации красным командованием. Преследование началось только 18/31 августа. Эти несколько дней дали возможность отступающему десанту тщательно организовать оборону удобных пунктов и с ее помощью выиграть целых 10 дней с 16/29 августа по 25 августа/7 сентября на проведение эвакуации. Преследование со стороны красных велось с исключительной энергией, но, несмотря на это, оно не было в состоянии помешать планомерной эвакуации десанта. Воспользовавшись задержкой преследования, десант прекрасно использовал местные условия и превратил все наиболее удобные дефиле в сильные оборонительные рубежи. Упорное сопротивление, оказываемое заслонами 26-й бригаде и отряду Ковтюха, указывает на то, что части десанта после неудачных боев на Кубани еще сохранили свою боеспособность и стойкость. Когда заслоны десанта упорно сдерживали натиск красных, в тылу десанта в районе Ачуева происходила напряженная организационная работа. Перегруженность района посадки многочисленными частями, учреждениями, пленными и мобилизованными делали его прекрасным объектом для налетов красной авиации, что крайне затрудняло работу и требовало полного напряжения и энергии со стороны десантного командования, а особенно генерала Коновалова.
Участник десанта В. Григорович в своих воспоминаниях пишет: будучи раненным в первые дни наступления группы генерала Улагая на Тимошевскую, он остался в полевом лазарете в станице Приморско-Ахтарской, но после боя под Ново-Николаевской со своей Терской батареей стал отходить на Ачуев. Сам попал на один из транспортов, его коняга на какую-то баржу, а его седло старые приятели по Дроздовской конно-горной батарее погрузили на один уходивший последним катер.
Операция десантного отряда генерала Черепова