С первой половины 16 века в составе Боярской думы появились и менее знатные феодалы окольничие, а также представители поместного служилого дворянства думные дворяне («дети дворянские, которые в думе живут») и верхов служилой бюрократии думные дьяки. Первоначально в Думе было четыре думных дьяка по посольским, разрядным, поместным делам и делам Казанского приказа. Думные дьяки вели делопроизводство Боярской думы.
Разделение законодательной власти.
Поскольку князь (царь) разделял власть с крупнейшими феодалами страны, постольку функции Боярской думы были неотделимы от его прерогатив. Боярская дума разрешала важнейшие государственные дела. Ею был утверждён великокняжеский судебник 1497 года и судебники 1550, 1589 годов. Статья 98 Судебника 1550 года считала приговор Боярской думы необходимым элементом законодательства: «а которые будут дела новые, и в сём судебнике не написаны, и как те дела с государства доклада и со всех бояр приговор вершаться» [68]. Указ о кабальном холопстве в апреле 1597 года царь «приговорил со всеми бояры», ноябрьский указ того же года о беглых крестьянах «царь указал и бояре приговорили».
Боярские приговоры.
Были наиболее важными законодательными актами, связанными с феодальным землевладением, крепостным правом, основами финансовой политики и прочими важнейшими сторонами деятельности государства. Таким образом, основные законодательные акты того времени проходили ещё через Боярскую думу. Особенно возрастало число боярских приговоров после различных социальных потрясений.
В царствование слабовольного Фёдора Алексеевича (1676 1682 года) значение Боярской думы даже временно возросло: из 284 указов его правления 114 были даны с боярским приговором.
Боярская дума была законодательным органом. Вместе с великим князем, а затем царём она утверждала различные «уставы», «уроки», новые налоги и т. д. В большинстве законов 16 века есть такая формулировка: «уложил царь со своими бояры». Будучи высшим органом управления страной, Боярская дума осуществляла общее руководство приказами, надзирала за местным управлением, принимала решения по вопросам организации армии, земельным делам. Переговоры с иностранными послами вела специальная ответная комиссия из членов Боярской думы. Итог этих переговоров выносился на рассмотрение и решение великого князя (царя) и Боярской думы.
Если же государь в Думе не присутствовал, то думный дьяк помечал приговор так: «По указу великого государя бояре, той докладной выписки слушав, приговорили».
Статус боярского приговора.
И эти приговоры имели такую же силу закона; отменить их царь мог только на новом заседании Думы, «поговорив» со своими боярами.
Заместитель государя в Думе.
Когда государь не присутствовал в Думе, первое место принадлежало старшему по отечеству боярину, и тогда имя того боярина упоминалось в приговоре. Приговоры помечались обыкновенно на самих делах, доложенных в Думе, и излагались кратко, либо пространно, если решали сложное и необычное дело; и краткие и пространные приговоры облекались потом в форму указов.
Избранная Рада.
Укрепляя свою власть, великие князья и цари 16 века стремились ослабить роль и значение боярской аристократии. Уже с середины 16 века из Боярской думы выделилась так называемая «комната», «ближняя дума» более узкий состав верных царю людей, с которыми он решал важнейшие тайные, экстренные и придворные дела. С мнениями, внушёнными этой «ближней думой», царь выступал на заседаниях Боярской думы. Не всегда и не все дела сразу ставились и сразу же решались в Думе. Дела особенно важные и серьезные, все то, о чем царю приходилось «мыслить тайно», он, прежде чем внести на рассмотрение полного собрания всех думцев, обсуждал с особенно близкими ему по родству, по дружбе или по расположению лицами, как думцами, так и не состоявшими членами Думы. Это была «тайная» или «ближняя» Дума государева.