Однако смысл сатиры ещё более широк и глубок. По сути дела писатель обличает здесь не только уклон в самовластье российского самодержавия, но и всякую безбожную власть, вырастающую на почве народного вероотступничества и поругания вечных христианских истин. Уже в самом начале сатирической хроники, в главе «О корени происхождения глуповцев», Салтыков-Щедрин пародирует, с одной стороны, историческую легенду о призвании варягов на царство славянскими племенами, а с другой, библейскую историю, отражённую в первой книге «Царств», когда старейшины Израиля потребовали от своего бывшего властителя, пророка Самуила, чтобы он поставил над ними царя. Смущённый Самуил обратился с молитвой к Господу и получил от Него такой ответ: «… Не тебя они отвергли, но отвергли Меня, чтоб Я не царствовал над ними».
Именно так ведут себя глуповцы: в своих градоначальниках они видят кумиров, земных идолов, от произвола которых зависит всё – и климат, и урожай, и общественные нравы. Да и сами градоначальники властвуют как языческие боги. У них «в начале» тоже «было слово», только слово это – звериный окрик: «Запорю!». Возомнив себя безраздельными владыками, градоначальники и уставы, и законы свои пишут в духе тех заповедей, которые Бог дал Моисею в скрижалях Завета, и на том же самом библейском языке. Закон 1-й градоначальника Беневоленского гласит: «Всякий человек да опасно ходит; откупщик же да принесет дары».
Властолюбие их столь безгранично, что распространяется не только на жизнь обывателей, но и на само Божие творение. Бригадир Фердыщенко, например, предпринимает путешествие по глуповскому выгону с «демиургическими» целями: «Он вообразил себе, что травы сделаются зеленее и цветы расцветут ярче, как только он выедет на выгон. “Утучнятся поля, польются многоводные реки, поплывут суда, процветёт скотоводство, объявятся пути сообщения”, – бормотал он про себя и лелеял свой план пуще зеницы ока».
Жизнеописания выдающихся глуповских градоначальников открывает Брудастый. В голове этого идола вместо мозга действует нечто вроде шарманки, наигрывающей два окрика: «Раз-зорю!» и «Не потерплю!» Так высмеивает сатирик бюрократическую безмозглость русской государственной власти. К Брудастому примыкает другой градоначальник с искусственной головой – Прыщ. У него она «фаршированная», поэтому Прыщ не способен администрировать, его девиз – «Отдохнуть-с!» И хотя глуповцы вздохнули при новом начальнике, суть их жизни изменилась мало: в обоих случаях судьба города находилась в руках безмозглых властей.
Когда вышла в свет «История одного города», критика стала упрекать Щедрина в искажении жизни, в отступлении от реализма. Но эти упрёки были несостоятельны. Гротеск и сатирическая фантастика у него не искажают действительности, а лишь доводят до парадокса те качества, которые таит в себе любой бюрократический режим. Художественное преувеличение, подобно увеличительному стеклу, делает тайное явным, обнажает скрытую от невооружённого глаза суть вещей, укрупняет реально существующее зло. С помощью фантастики и гротеска Щедрин ставит точный диагноз социальным болезням, которые существуют в зародыше и ещё не развернули всех возможностей и «готовностей», в них заключённых. Доводя эти «готовности» до логического конца, до размеров общественной эпидемии, сатирик выступает в роли провидца, вступает в область «предведений и предчувствий».
При чтении сатиры Салтыкова-Щедрина возникают вопросы. На чём же держится деспотический режим? Какие особенности народной жизни его порождают и питают? Город «Глупов» в книге – это особый порядок вещей, составным элементом которого является не только градоначальники, но и народ – глуповцы. В книге даётся беспримерная сатирическая картина наиболее слабых сторон народного миросозерцания. Щедрин показывает, что глуповская масса в основе своей политически наивна, что ей свойственны неиссякаемое терпение и слепая, на грани языческого идолопоклонства, вера в начальство. «Мы люди привышные! – говорят глуповцы. – Мы претерпеть могим. Ежели нас теперича всех в кучу сложить и с четырёх сторон подпалить – мы и тогда противного слова не молвим!» Энергии административного действия они противопоставляют энергию слепого бездействия, «бунт» на коленях: «“Что хошь с нами делай! – говорили одни, – хошь – на куски режь, хошь – с кашей ешь, а мы не согласны!” – “С нас, брат, нечто возьмёшь! – говорили другие, – мы не то, что прочие, которые телом обросли! Нас, брат, и уколупнуть негде”. И упорно стояли при этом на коленах».