«Семинарий имени Н. П. Кондакова» (Seminarium Kondakovianum) был переименован в 1931 г. в «Археологический институт имени Н. П. Кондакова». Институт издавал «Сборники статей по археологии и византиноведению» и «Анналы» (до 1940 г. было опубликовно И выпусков научных трудов). Главной задачей института была публикация рукописного наследия Кондакова, изучение древнерусского искусства, педагогическая деятельность. Институт просуществовал до 1952 г. Архив Н. П. Кондакова был передан на хранение в Литературный архив Музея национальной литературы в Праге.
Николай Андреев: студент, ученый, директор
Русский историк Николай Ефремович Андреев (1908–1982) эмигрировал в Прагу из Эстонии в 1927 году. Здесь он поступил в Карлов университет. По воспоминаниям Николая Ефремовича, за поступление на философский факультет в Карловом университете и прослушивание лекций ему не пришлось платить, так как по договору Чехословакии с Эстонией (откуда Андреев приехал в Прагу) человек, окончивший с «похвалой» эстонскую гимназию, освобождался от платы за получение образования в чешских учебных заведениях. Андреев вспоминал, что «заплатил только, когда приехал, маленькую сумму за регистрацию, что стал студентом Карлова университета, “Старославного учении Карлова", и это действительно была большая удача». Параллельно Николай Ефремович начал учиться и в Пражском Русском институте сельскохозяйственной кооперации.
После окончания университета Андреев стал сотрудником Института им. Н. П. Кондакова, защитил докторскую диссертацию на тему: «О деле дьяка Висковатого». С тех пор вся научная деятельность ученого была посвящена русской истории времен Ивана Грозного и русской литературе, истории Киевской и Московской Руси, истории русской философской мысли.
В годы Второй мировой войны Николай Ефремович возглавил Институт им. Н. П. Кондакова и, как мог, защищал научное учреждение от давления и произвола ставленников фашистского Протектората, находя союзников даже в среде оккупационного режима.
После освобождения Праги советскими войсками Н. Е. Андреев был арестован в числе многих своих коллег советскими спецслужбами и более двух лет томился в тюрьме — вначале в Чехословакии, затем — в Восточной Германии. Не имея возможности вернуться в Прагу после освобождения из-под стражи, Николай Ефремович уехал в Англию и стал преподавать на кафедре славистики в Кембриджском университете.
Русский ученый-историк оставил после себя не только большое научное наследие, но и бесценные воспоминания о годах, проведенных им в Праге в 20–30-х годах XX века: о русских эмигрантах того времени, их характерах, нравах, бытописания о непростой жизни на чужбине. К сожалению, автобиографический труд Андреева остался незаконченным, но благодаря подвижничеству его родственников широкой публике все же стала доступной хотя бы часть из написанных им воспоминаний.
В конце 20-х годов XX века Николая Ефремовича Андреева пригласили на работу в Семинар им. Н. П. Кондакова. Там он не только близко познакомился с сотрудниками Семинара, но и узнал подробную историю создания научного учреждения. В 1928 году Семинар располагался в одном из старых градчанских построек в районе Праги-4. В этом же помещении жили директор Семинария профессор Калитинский, его секретарь Расовский. Помощниками Калитинского в те времена были Беляев и Толль. Глубоким уважением проникнуты воспоминания и личные впечатления Н. Е. Андреева об основателе ученого сообщества Н. П. Кондакове.
«При жизни академика Кондакова, который умер в Праге в 1925 году, — вспоминал Николай Андреев, — Калитинский оставался в его Семинарии, который посещали не только студенты, но и профессора, в том числе историк Георгий Владимирович Вернадский. После смерти Кондакова оба они решили продолжать его исследовательскую линию и сохранить Семинарий. Если раньше это был просто Семинарий Кондакова, то теперь он стал называться Семинарием имени Кондакова. Они выпустили великолепный сборник памяти почившего академика, которого специалисты высоко ценили, — академик Жебелев в своих очерках по истории русской археологии назвал Никодима Павловича Кондакова архистратигом русской археологии и русской истории искусства. Не говоря уже о том, что Кондаков сыграл крупнейшую роль в развитии мирового изучения Византии, поскольку первым смог дать хронологическую схему развития эпох византийского искусства, он изучил (что до него как-то не догадались сделать) византийские миниатюры в рукописях, которые все датированы, и после этого получилась схема искусства, потому что миниатюры отражали главные черты искусства той эпохи, в которую создавались. Кондаков во всех отношениях был фигурой огромной величины, в его честь ученые охотно представляли свои труды, старались продолжать работать в духе кондаковских теорий…»