Вместе с тем, содержащееся в части второй статьи 9 Совместной Декларации Союза Советских Социалистических Республик и Японии согласие СССР на передачу Японии Малой Курильской гряды (названной в Декларации островами Хабомаи и островом Сикотан) не отвечало национальным интересам государства в момент заключения Декларации и не отвечает им в настоящее время. Кроме того, обещание руководителей союзного (федеративного) государства об уступке территории за счет одного из субъектов Союза, без получения предварительного согласия этого субъекта (России) на эту передачу, носило антиконституционный характер, так как противоречило статье 16 Конституции РСФСР 1937 года, предусматривавшей недопустимость изменения границ РСФСР без ее согласия.
В 60-80-х годах Советский Союз, по сути дела, отрицал само существование территориальной проблемы, заявляя, что этот вопрос окончательно решен по итогам второй мировой войны. Однако в начале 90-х годов Россия не только заявила о признании наличия проблемы, но и, в отличие от бывшего СССР, сделала существенный шаг навстречу Японии, согласившись вести переговоры с целью заключения мирного договора путем решения вопроса о принадлежности южных Курильских островов. Находясь в 1990 году в Японии, Б.Ельцин выступил с так называемой "программой поэтапного решения территориального спора", представлявшей фактически курс на растянутую по времени постепенную ("поэтапную") передачу части южных Курильских островов под японский экономический и административный контроль. М.Горбачевым в апреле 1991 года было подписано "Совместное заявление" с японским премьер-министром Тосики Кайфу, в тексте которого впервые отмечалось наличие территориального спора по принадлежности не только Малой Курильской гряды (Шикотан и Хабомаи), но и Кунашира и Итурупа, которые в Совместной советско-японской Декларации 1956 года даже не упоминались.
Дальнейшее ослабление российской позиции было допущено и в "Токийской декларации", содержащей двусмысленные формулировки, подогревавшие у японской стороны надежды на скорое получение под свой контроль двух крупных островов Большой Курильской гряды (Кунашира и Итурупа) и всей Малой Курильской гряды. Продолжением той же линии были безответственные авансы, выданные японской стороне на встречах "без галстуков" в Красноярске (1997 год) и Каване (1998 год).
В Иркутском заявлении 2001 года по итогам встречи Президента Российской Федерации и Премьер-министра Японии, в отличие от бывшего СССР, Россия заявила о готовности вести переговоры на основе всех достигнутых ранее договоренностей, включая Совместную Декларацию Союза Советских Социалистических Республик и Японии 1956 года.
Участники парламентских слушаний считают, что притязания Японии на часть территории Курильских островов, несомненно, создают угрозу национальной безопасности, так как основные из этих островов населяют тысячи российских граждан, острова удобны для освоения, имеют в недрах, на шельфе и в прилегающей акватории значительные и ценные природные ресурсы, важны в военно-стратегическом отношении, а их передача означает фактическую ревизию итогов второй мировой войны со всей вытекающей отсюда опасностью соответствующих прецедентов.
В настоящее время в Курильском и Южно-Курильском районах Сахалинской области, на которые претендует Япония, на площади 5174 кв.км. проживает 15,7 тыс. человек, 65 тыс. га являются заповедными землями. На шельфе оспариваемых островов ресурсы углеводородов составляют 1,6-1,8 млрд. тонн условного топлива. Общие ресурсы золота на Курильских островах оцениваются в 1867 тонн, серебра - 9284 тонны, железа - 273 млн. тонн, титана - 39,7 млн. тонн. Имеются парогидротермы, залежи полиметаллических руд, 117 млн. тонн серы. Ежегодный вынос с газами - редкого металла рения на Итурупе составляет 36 тонн, что соответствует его годовому мировому потреблению; в России другой минерально-сырьевой базы рения нет.
Общие запасы рыбы и других морепродуктов (возобновляемых биологических ресурсов) в Южно-Курильском рыбопромысловом районе составляют более 5 млн. тонн, а общедопустимые уловы (ОДУ) около 800 тыс. тонн. Потеря Россией этой пищесырьевой базы создает угрозу продовольственной безопасности страны.
Несмотря на то, что Правительство Российской Федерации и Государственная Дума Федерального Собрания Российской Федерации уделяют определенное внимание состоянию социально-экономической обстановки на Курильских островах, принимают решение о продлении срока реализации Федеральной программы социально-экономического развития Курильских островов Сахалинской области, недостаточное финансирование не позволяет реализовать ее в полной мере.
Концепция национальной безопасности Российской Федерации (в редакции Указа Президента Российской Федерации от 10 января 2000 года № 24) относит к факторам, обуславливающим основные угрозы для России в международной сфере, притязания на территорию Российской Федерации.