Местных священнослужителей новых епархий (македонцев и болгар) старались привлекать к участию в органах церковного управления. Уже с мая 1941 г. их начали назначать членами временных Епархиальных советов, однако согласно уставу экзархата эти органы должны были избираться, и окружным посланием от 17 августа 1942 г. Синод назначил проведение двухступенчатых выборов. 4 октября 1942 г. во всех новых духовных округах избрали по три священника и три мирских выборщика, которые через полгода провели выборы членов постоянных Епархиальных советов. Новоизбранные советы были утверждены указом Синода от 24 июля 1943 г.106
. Осталось не выполнено еще одно положение устава экзархата – выборы епархиальных архиереев, но это объяснялось внутренней причиной – острой борьбой по вопросу завершения канонического устройства Болгарской Церкви путем созыва Церковного Народного Собора и выборов Патриарха. В целом же Болгарская Церковь так и не смогла полностью контролировать церковную жизнь на так называемых «новоосвобожденных землях».Капитуляция Болгарии и приход 9 сентября 1944 г. к власти в этой стране прокоммунистического Отечественного фронта привели к ликвидации болгарского военно-административного и духовного управления на Северо-Востоке Греции. Болгарские архиереи покинули эту область еще в августе, а 6–10 сентября 1944 г. из Западной Фракии в Болгарию уехали 120 приходских священников и церковных чиновников107
.Определенные особенности имела религиозная политика в итальянской зоне оккупации Греции. В отличие от немцев, итальянцы активно использовали местные организации Римско-Католической Церкви (прежде всего, благотворительные), чтобы завоевать терпимость или даже симпатию части населения в занятых странах. Итальянское посольство в Афинах просило, чтобы первое оккупационное правительство аннулировало условия международного соглашения 1926 г., согласно которому Франция имела приоритет в религиозной католической деятельности на Балканах (это соглашение сохраняло существовавший ранее статус французского покровительства католиков в государствах, возникших на территории бывшей Османской империи). В Греции, однако, данное правило никогда не имело силы, так как сразу же после создания независимого греческого государства защита местных католиков была возложена на греческого короля, и таким образом Римско-Католическая Церковь в Греции стала национальной Церковью под защитой государства. Следовательно, ходатайство итальянского посольства не имело реального значения, однако ясно показывал намерение властей Италии использовать католические организации в своей оккупационной политике.
В результате деятельность Католической Церкви в Греции в 1940–1944 гг. развивалась во многих социальных и политических сферах. Она началась с аренды ряда зданий под больницы во время греко-итальянской войны и успешного посредничества Папы Римского Пия XII зимой 1940/1941 г. между правительствами воюющих стран с целью предотвращения бомбардировки Афин и Рима. Кроме того, Ватикан и католические епископы Греции ходатайствовали перед оккупационными немецкими и итальянскими властями о смягчении условий содержания греков в концентрационных лагерях и перед царем и премьер-министром Болгарии об улучшении отношения к греческому населению в Восточной Македонии и Западной Фракии. Католические епископы также предложили помощь для решения проблемы доставки продуктов питания городскому населению с использованием дипломатических служб Ватикана. Это привело к посланиям Папы Римского к английскому королю, обращениям послов к оккупационным властям в Греции, а также посредничеству между Афинским архиепископом Дамаскином и английским правительством или греческим послом в Лондоне108
.Учитывая небольшое количество католиков в Греции, итальянские власти в своей религиозной политике уделяли значительное внимание и Православной Церкви. В частности, согласно сообщению полномочного представителя III рейха из Афин в германский МИД от 10 июля 1941 г., они пытались предотвратить замену Афинского архиепископа, опасаясь, что это повлечет за собой реструктурирование Элладской Церкви и ее адаптацию к условиям оккупации. Однако им пришлось уступить, когда итальянские власти поняли, что вызовут недовольство греческого населения, если их причастность к негативному решению такого важного вопроса станет достоянием общественности109
.