Следующая церковь – свт. Николая Чудотворца была устроена при посланнике В.П. Титове и освящена 1 апреля 1845 г. на верхнем (третьем) этаже нового здания российского посольства в Пере, построенного в 1838–1844 гг. по проекту архитектора Г. Фоссати3
. В 1858–1860 гг. настоятелем посольской церкви являлся архимандрит Петр (Троицкий), будущий епископ Аккерманский, викарий Кишиневской епархии. С 1860 г. настоятелем храма служил архимандрит Антонин (Капустин), ставший впоследствии известным благодаря трудам в Русской Духовной Миссии в Палестине. Еще в 1859 г., в связи с возникшим болгарским национальным движением, митрополит Московский Филарет, ценивший ум и знания о. Антонина, рекомендовал Святейшему Синоду перевести его из Афин в Константинополь на настоятельское место, что и было сделано в короткие сроки4.Следует отметить, что настоятельство в Афинах было важным этапом насыщенной биографии о. Антонина. Именно там он начал свою длительную и богатую по результатам ученую и миссионерскую деятельность на христианском Востоке. В Афинах о. Антонин, по представлению МИДа, получил сан архимандрита; само производство совершил 5 апреля 1853 г. председатель Священного Синода Элладской Церкви – митрополит Аттики Неофит. Перед отъездом из Афин в Константинополь, архим. Антонин удостаивается «за христианские добродетели, ученость и филэллинские чувства» награждения Командорским Крестом греческого Ордена Спасителя. Собранные им материалы вошли в обширную статью «Христианские древности Греции»5
и монографию «О древних христианских надписях в Афинах». Афины стали для о. Антонина «бесплатной, долговременной и самой приятной школой изучения христианских древностей»6.В апреле 1860 г. архим. Антонин получил сообщение о переводе в Константинополь и в сентябре того же года прибыл в столицу Османской империи. Здесь он быстро установил близкие отношения с Вселенским Патриархом, высшим греческим духовенством и русским дипломатическим корпусом. Новому настоятелю было поручено заниматься болгаро-униатским вопросом, выполнять некоторые поручения Синода в связи со вступлением на Константинопольский престол Патриарха Софрония и изучать Синайский кодекс Библии. Наряду с этим о. Антонин изучал рукописи, памятники археологии и искусства, предпринимал научные экспедиции, и вскоре его имя стало одним из самых известных среди византологов. Архимандрит планировал построить новый посольский храм, открытый и доступный для православных жителей Константинополя, но не успел осуществить свой замысел. 1 сентября 1865 г. он простился с Царьградом в связи с назначением «следователем и временно заведующим Иерусалимской Духовной Миссии»7
. Позднее архим. Антонин был избран почетным членом Императорского Православного Палестинского Общества, Императорского археологического общества, Одесского общества истории и древностей, Афинского археологического общества, Немецкого восточного археологического общества и др.Накануне Первой мировой войны – в 1913–1914 гг. состоявший из шести человек клир Никольской посольской церкви возглавлял архимандрит Ювеналий (Машковский). После вступления летом 1914 г. Османской империи в войну на стороне Германии и Австро-Венгрии российское посольство покинуло страну, а посольская церковь была закрыта. В годы Первой мировой войны на горе, вблизи здания посольства, были похоронены погибшие моряки российской подводной лодки «Морж». Во время выполнения задачи по недопущению в Черное море через проливы кораблей немецкого флота эта подлодка была повреждена и затонула, а ее экипаж погиб8
.В 1875–1876 гг. при после графе Н.П. Игнатьеве была построена русская Никольская больница в квартале Панджальди (Харбие), и при ней в 1876 г. устроена и 15 июня освящена греческим митрополитом Дерконским Иоакимом церковь свт. Николая Чудотворца в отдельном довольно большом каменном здании византийского стиля. Она являлась приходским храмом небольшой русской колонии в Константинополе, сложившейся к началу XX в. и состоявшей преимущественно из состоятельных людей. Церковь также посещали жившие в городе православные славяне из других стран. Афонские монахи содержали при Никольском храме школу для мальчиков на 16 человек, в основном русских9
.