Режим оккупации Греции оказался довольно жестоким. При этом болгары открыто преследовали цели национальной ассимиляции населения и территориальной аннексии оккупированных ими зон Греции, нередко прибегая к репрессиям (до войны Элладская Церковь рассматривала болгар и македонцев на территории страны как ославяненных греков). Итальянцы также имели территориальные претензии к Греции, пытаясь проводить как идеологическое разделение, так и этнические чистки части греческого населения. В связи с этим они старались ограничить политическую и социальную деятельность Элладской Церкви в качестве национальной Церкви. В свою очередь болгарские власти вообще не хотели допустить существование Элладской Церкви в своей зоне оккупации, предпочитая ее ликвидацию там.
Германское правительство объявило, что после окончания войны его войска уйдут из страны и оно сохранит заметную роль Греции в послевоенном устройстве Европы. В своей оккупационной политике немцы пытались использовать идеологические и политические различия разных слоев населения, прежде всего антикоммунизм, который стал причиной конфронтации консервативно настроенных крестьян и части городского населения с левыми группами сопротивления. Под немецким контролем было образовано марионеточное греческое правительство в Афинах, имевшее свои охранные батальоны. В период оккупации существовало три таких правительства: с 29 апреля 1941 до ноября 1942 г. (с генералом Георгиосом Цолакоглу в качестве премьер-министра), с ноября 1942 до апреля 1943 г. (во главе с профессором Константиносом Логотетороулосом) и с апреля 1943 до октября 1944 г. (с Иоаннисом Раллисом в качестве премьер-министра). Одновременно в Грецию был послан полномочный представитель III рейха (имперский уполномоченный), которому принадлежала фактическая власть в стране. Командование немецких войск находилось в Салониках. Следует отметить, что немцы, в отличие от итальянцев и болгар, предоставили религиозным организациям определенную автономию и не оказывали существенного влияния на внутрицерковную жизнь, стремясь установить конструктивные отношения с руководством Элладской Церкви40
.В период 1940–1950 гг. чрезвычайно важное, порой определяющее значение для ситуации в Греции имела позиция Православной Церкви. В 1941–1944 гг. Элладская Церковь во всех зонах оккупации пробуждала национальные чувства и часто действовала в качестве выразителя социальной совести и общественного мнения. При этом политическое отношение к оккупантам ее иерархов колебалось от открытого сопротивления и отрицательной пассивности до прямого сотрудничества. Так, архиепископ Хрисанф считался представителем правого крыла политических сил страны и, прежде всего, роялистов. Его рассматривали в качестве представителя короля Георга II в оккупированной Греции и также как духовного руководителя сражавшихся антикоммунистических групп.
В то же самое время многие митрополиты были настроены против движения сопротивления и выступали за сосуществование с немецкими оккупантами. Их взгляды отражали антикоммунизм и позицию некоторых политических деятелей, считавших «временное» присутствие немцев меньшей опасностью, чем захватнические планы итальянцев и болгар. Однако некоторые архиереи сотрудничали с левыми группами сопротивления. Участие же рядовых священнослужителей не только в политических, но и в военных левых группах сопротивления было еще большим. Этому способствовала достаточно гибкая религиозная политика руководителей этих групп в так называемых «свободных землях», как правило не вмешивавшихся во внутрицерковную жизнь.
Можно выделить четыре основные тенденции в отношении архиереев Элладской Церкви к оккупантам: 1. активное, открытое и добровольное сотрудничество; 2. принудительное повиновение и пассивное сотрудничество; 3. отказ сотрудничать или скрытое сопротивление завоевателям и их греческим пособникам; 4. открытый конфликт с оккупационной властью и сотрудничество с вооруженным сопротивлением. На формирование той или иной тенденции существенное влияние оказывала жесткая религиозная политика в той или иной зоне оккупации.
В результате политики дискриминации и ассимиляции около 150 тыс. греков бежали из болгарской в итальянскую и немецкую зоны оккупации. Однако и в этих зонах вывоз продовольственных ресурсов в Германию привел к тому, что зимой 1941–1942 гг. умерли от голода около 350 тыс. человек. В результате в стране быстро возникли и получили сильное распространение различные формы сопротивления захватчикам.