Некоторые греческие архиереи пытались бороться с экспансионистской политикой Софии. В частности, Салоникский митрополит Геннадиос предпринял пропагандистскую кампанию, чтобы доказать, что территориальные требования Болгарии на Восточную Македонию и Западную Фракию не имеют никаких оснований. Его цель состояла в том, чтобы убедить немецкие власти в несправедливости проводимой по отношению к грекам политики, но митрополит также говорил о риске для выживания греческого населения из-за длительной оккупации и возможной аннексии Восточной Македонии и Западной Фракии болгарским государством. Помимо исторических и этнографических он использовал экономические аргументы, ссылаясь на то, что оккупированные болгарами области до войны давали 35 % общего производства в Греции. Потеря этих областей привела бы к дальнейшему снижению уровня жизни большинства греков, которые и так уже жили ниже существовавшей до начала оккупации черты бедности82
.Руководство Элладской Церкви в свою очередь активно выступало с официальными заявлениями протеста, в том числе после смены Афинского архиепископа. В начале июня 1941 г. архиеп. Хрисанф передал официальный протест полномочному представителю III рейха в Греции Гюнтеру Альтенбургу по поводу политики болгарских властей в отношении Элладской Церкви в Северо-Восточной Греции. Он осудил их требование совершать богослужение на церковно-славянском языке, так же как и смещении греческих митрополитов с их кафедр. Насаждение болгарского языка нарушало закон и свободу религиозной совести, так как болгарский язык был полностью неизвестен греческому духовенству и мирянам. Подчинение духовенства Западной Фракии Болгарскому Священному Синоду, по утверждению архиеп. Хрисанфа, полностью противоречило церковному праву, потому что Болгарская Церковь была «раскольнической» и не состояла в духовном общении ни с одной из других Поместных Православных Церквей. Впрочем, руководство Элладской Церкви признавало, что сущность вопроса была, прежде всего, политической. Именно поэтому первоначально оно считало, что преследование греческого духовенства в болгарской зоне является не его заботой, а скорее «светским» вопросом, которым должно заниматься, прежде всего, греческое оккупационное правительство83
.В середине августа 1941 г. новый Афинский архиепископ Дамаскин в официальном заявлении похвалил религиозную политику немецких властей в Северо-Восточной Греции и осудил соответствующую политику болгар, прибегнув к тем же обвинениям, что и его предшественник. К этому времени в оккупированные епархии уже были назначены болгарские архиереи, вводилось принудительное участие болгарских священников в совершении литургии, во многих церквах греческие надписи заменялись на болгарские, некоторые греческие духовные книги оказались сожжены, были отменены лицензии, выданные греческими митрополитами для совершения венчаний. Почти все храмы, Епархиальные дома и большинство монастырей были захвачены, церковная собственность конфискована и, наконец, все греческие митрополиты и многие священники высланы. В июне 1942 г. архиепископ Дамаскин прекратил осуждать меры, предпринятые болгарскими властями в отношении греческого духовенства, так как, по его оценке, Элладская Церковь в этом регионе прекратила существовать84
.Когда в июле 1943 г. болгарская армия вошла в Центральную Македонию, которой управляла немецкая администрация, Афинский архиепископ снова начал резкую антиболгарскую агитацию. Он предупредил, что болгарские провокации в отношении греческого населения вызовут ответную реакцию, принимающую форму конфликтов между местными жителями и немецкими властями, и будут сопровождаться нападениями на немцев. В связи с этим Владыка просил, чтобы немецкие власти придерживались существующего статуса Элладской Церкви в Центральной Македонии и категорически отвергли все претензии болгар изменить его (опасения не оправдались).