С 1897 г. и до конца своих дней Перцов работал над фундаментальным философским сочинением «Основания космономии» (или «Основания диадологии»), краткую характеристику которого он дал в приведенном выше «Curriculum vitae». Пытаясь вывести универсальную формулу мироустройства — мировой морфологии — и эволюции мировой культуры, он противопоставлял европейскому антропологизму начала «русского космизма». Развитию своей концепции Перцов мог уделять необходимое внимание лишь во время не слишком продолжительных перерывов в текущей работе — редакторско-издательской и критико-публицистической журналистской деятельности, порой отнимавшей у него все силы. Предварительных публикаций фрагментов из своей книги он своевременно не предпринял, а в 1920-е гг., когда его произведение приобрело более или менее законченные формы, помышлять о его обнародовании в большевистской России, где никакой современной философии, кроме «диамата», существовать не могло, уже, конечно, не приходилось. С горечью осознавая невостребованность своих трудов в условиях нового режима, Перцов более всего сокрушался о безнадежной судьбе главного и любимого — философского — детища: «…настоящие мои работы лежат в параличе… <…> ведь у меня на руках ребенок с серьезнейшим будущим — эмбрион (и больше, чем эмбрион) новой и самостоятельно-русской философии, завершение и подлинное раскрытие славянофильства. <…> Это во мне растет, как какой-то внутренний процесс,
«Эмбриональный» период развития системы «мировой морфологии» нашел отражение в ряде печатных выступлений Перцова на рубеже XIX–XX вв. — в журналах «Вопросы философии и психологии», «Наблюдатель», «Русское Обозрение», «Мир Искусства», в газетах «Новое Время» и «Русский Труд», в «Торгово-Промышленной Газете». Критико-публицистические статьи 1898–1901 гг., а также путевые очерки «Царьград и Афины», написанные по впечатлениям поездки в Константинополь и Грецию летом 1899 г. и содержащие важные для автора историософские заключения, составили его книгу «Первый сборник», в которой были обозначены главные идеологические установки мировоззрения Перцова, каким оно окончательно определилось в конце 1890-х гг. Статьи первого раздела сборника («Славянофильство») объединены идеей «культурного всеславянского единства», обосновываемой в различных аспектах: марксизм на русской почве трактуется как новейший «воздушный замок» и показатель «оскудения подражательных течений русской мысли» («Психология русского марксизма»), фигура Герцена, провозглашаемого «одним из лучших русских писателей» (в 1899 г. Перцов пытался издать в России собрание его сочинений), — как «психологический мост между русским либерализмом и славянофильством» («А. И. Герцен»), толстовство — как «промежуточная форма» «между прошедшим русским реализмом и наступающим русским идеализмом», мыслимым как национальное движение («„Воскресение“ и толстовцы»)[1904]
. Проникнутый, по оценке Конст. Эрберга (К. А. Сюннерберга), «бодрым оптимизмом и верой во все самобытно-русское»[1905], «Первый сборник», однако, вызвал и сожаления о том, что автор «ни единою строкою не помогает читателю разобраться в том, где же пути для нашего национального самосознания»[1906].