Борис Годунов в 1570 году женился на дочери опричника Малюты Скуратова Марии Григорьевне Скуратовой-Вельской. До этого момента совершенно безвестная девушка послушно подчинила себя политическому восхождению своего супруга и закончила еще более трагично, чем он сам. Борис Годунов убедил царя Ивана IV не только благодаря этой родственной близости к верхушке опричников. Иван ценил этого красивого мужчину за величественную осанку и проницательный ум. Борис Годунов пользовался расположением царя и умел при всяком предоставлявшемся случае советовать Ивану проявлять гибкость, хитрость и глубину. Возможно, что Иван распустил опричнину по настоянию Годунова, потому что бесчинства Ивана IV негативно влияли на его престиж за границей. Политические представления Годунова были настолько далеки от разумения кровавого Малюты Скуратова, что Мария Григорьевна жила в состоянии душевного разлада, от которого ее могла спасти только терпимость. Она правильно поступила, в первую очередь подчинившись воле супруга и полностью оставаясь на заднем плане. Сестра Годунова играла совершенно иную роль.
Иван IV не только женил сына Федора на Ирине, но и образовал регентский совет. В совет входили видные бояре Никита Романович Захарьин-Юрьев (брат первой жены Ивана), князь Иван Петрович Шуйский – Рюрикович – и князь Иван Федорович Мстиславский из рода Гедиминовичей, чей авторитет не уступал Рюриковичам. К ним присоединился опричник Богдан Яковлевич Вельский. Борис Годунов не был призван Иваном в совет. Только после смерти Ивана он сам объявил себя его членом. Как ни домогались все члены регентского совета благосклонности будущего царя Федора, Годунов имел перед ними преимущество: сестру Ирину. В качестве шурина наследника трона он смог приобрести влияние и расширить свою власть. И собственный брак с дочерью опричника Скуратова ему не был в этом помехой. Ирина ухаживала за больным Иваном перед его смертью и позаботилась о том, чтобы Годунов, несмотря на жестокие нападки со стороны бояр, не впал в немилость.
После смерти Ивана IV Годунов изгнал своего самого сильного конкурента Ивана Шуйского. В 1587 году Шуйский, спасаясь, бежал в монастырь, после чего он безуспешно пытался поднять мятеж против считавшегося узурпатором Годунова. Тогда Годунов распустил регентский совет и в 1588 году принял титул: «шурин великого правителя, регент, слуга и конюший, боярин, дворцовый воевода и хранитель подвластных территорий и Казанского и Астраханского царств»[2]
. Годунов оставался регентом до смерти Федора в 1598 году. Все эти годы он проводил выгодную для Руси политику, однако неизменно был презираем аристократами как беззастенчивый выскочка и должен был защищаться от многочисленных интриг против себя лично и против своего регентства. Годунов платил той же монетой. Он всегда был в милости у царя Федора, он был обязан как осуществляемой в интересах государства политике силы, так и разумной и посреднической деятельности Ирины, которой он предоставил достаточно свободы действий для самореализации. Доля активности Федора в этом треугольнике была относительно невелика. В рамках общественных и официальных выходов и представительских обязанностей царица Ирина Федоровна была рядом с супругом. Она не только принимала иностранных послов, но и принимала участие в заседаниях Боярской думы. Она имела с Федором исключительно доверительные отношения и умела искусно объяснять ему его задачи как царя.В изображении современников Ирина была образованной женщиной, прекрасно понимающей нужды подданных. Они хвалили ее усилия к самостоятельности. Существует целый ряд документов, относящихся ко времени правления Федора, на которых рядом с подписью царя неожиданно появлялось и имя Ирины. Особо отчетливо сильная человеческая и политическая позиция царицы проявляется в ее переписке с английской королевой Елизаветой I и патриархом Александрийским. Она прилагала усилия для признания Русской православной церкви, которая тогда еще не являлась патриархатом. Вновь и вновь посылала Ирина патриарху Александрийскому дорогие подарки. В знак благодарности и признания в июне 1591 года ей была прислана из Константинополя часть мощей святой Марии Магдалины. То, что Борису Годунову удалось добиться подтверждения признания Русской церкви патриархатом, является еще одним примером тесного взаимодействия регента и царицы – в интересах Русского государства.