Алексей мог выходить на свежий воздух, ему было разрешено играть под открытым небом и заниматься тем, что подобает аристократической молодежи. Борис Морозов обучал его соколиной охоте, заинтересовал его другими странами и культурами и наставлял смышленого ученика по практическим вопросам жизни Русского государства. Морозов так подготавливал наследника престола, чтобы он, Морозов, сумел занять важное место рядом с ним. Учитель воспитал прилежного, активного, любознательного и общительного ученика, в котором одновременно просматривался неуравновешенный характер. Несмотря на то что в целом он был спокоен и дружелюбен, он мог позволить себе и несдержанность в проявлении чувств, которая доходила до жестокости.
После того как в 1645 году умерли его родители, Алексей должен был сразу взять правление на себя. Сначала за царя в Боярской думе правил Морозов. Боярин поддерживал готовность Алексея к самостоятельному правлению. В 1647 году Алексей решил укрепить свою власть и как можно скорее жениться. Он даже не искал невесту при западноевропейских княжеских дворах, а последовал московской традиции. Вновь дело дошло до смотрин, как это описано в русских сказках и песнях. Из 200 девиц различных социальных слоев, присланных в Москву, самому царю были представлены шесть.
Легенда свидетельствует, что Алексей с первого взгляда влюбился в Евфимию Федоровну, дочь помещика Всеволожского, получившего землю за службу. Но во время официального представления девушка лишилась чувств, и тут появился слух, что кандидатка страдает эпилепсией. Вся семья Всеволожских была немедленно выслана из Москвы. Это событие пробудило у присутствовавших бояр воспоминания об очень похожем случае с царем Михаилом. Вновь критично настроенные современники утверждали, что речь шла о сознательной манипуляции. Якобы Борис Морозов распространил слух о болезни. Будто бы он был заинтересован в разрыве этой связи. Слух был обоснован. У Морозова были другие планы относительно женитьбы царя. По его распоряжению головной убор девушки был затянут так сильно, что это привело к отливу крови от головы. Последствия были очевидными.
Морозов хотел, чтобы Алексей женился на дочери стольника Ильи Даниловича Милославского. Милославский принадлежал к сторонникам Морозова. Девушку пригласили к сестре царя в женские покои Кремля. И там ее провели перед царем при соблюдении всех атрибутов официального ритуала смотрин, и как и желал Морозов, Алексей в девушку влюбился. 16 января 1648 года царь женился на Марии Ильиничне Милославской. Морозов даже не составил себе труда придать интриге хотя бы немного серьезный вид. Из непомерного самомнения Морозов женился через десять дней после царя и выбрал Анну, сестру Марии! Царь и ментор были связаны друг с другом родственными узами. От женщины, которая таким образом служила игрушкой в придворных интригах, первоначально никто не мог ожидать активной политической роли. Морозов, который и без того уже сосредоточил в своих руках пять важных центральных должностей, набирал себе еще больше влияния, власти и богатства. Перед Алексеем, если он хотел утвердиться как самостоятельный правитель, стояла проблема найти выход из зависимости от Морозова так, чтобы при этом не допустить убийства уважаемого воспитателя, зятя и временно фактического правителя. Подходящую возможность предоставило Московское восстание 1648 года.
Морозов проводил административную и финансовую реформу и ввел в 1646 году, среди прочего, тяжкий соляной налог. Тяготы налога у народа соединились с ненавистью против всеобщей коррупции и семейственностью в управлении. Выбор Марии Милославской в качестве невесты московские бояре рассматривали как попытку поколебать доминирующее положение семьи Романовых. Таким образом, интересы горожан и древних боярских родов и служилого дворянства объединились. Озлобление прорвалось в Москве 1 июня 1648 года. К восстанию горожан присоединились стрельцы и отряды дворян. Они требовали от царя выдачи главных виновников их недовольства. Прежде всего следовало пожертвовать Морозовым.
Царь с женой пребывали в загородной резиденции в Коломенском. Он находился в сложном положении, которое было порождено не только страхом. Речь шла о главном советнике Морозове и о балансе сил между Романовыми и Милославскими. Алексей пожертвовал только ненавидимыми народом сторонниками Морозова. Некоторые были убиты. В последующие недели толпу удалось задобрить подарками. Однако волнения продолжались на протяжении месяцев. Морозов временно был «спасен» в ссылке. Через четыре месяца он вернулся и был привлечен царем к разработке нового сборника законов («Соборного уложения»). Хотя Борис Морозов и продолжал занимать важные государственные посты, свое господствующее влияние на царя он утратил навсегда.