Как рассказывал сам отец Иероним отцу Макарию, в течение нескольких дней подряд он был утешаем премногими откровениями неизреченных таинств, которых и описать не мог. На вопрос отца Макария, получил ли он какое извещение о приятии своих молитв об обители, отец Иероним ответил: «Я не смел этого вопрошать, мое дело – просить, ибо даяй молитву молящемуся дал и моему недостоинству сию молитву – молиться о любезном мне общежитии и братстве». Однако нам доподлинно известно из творений святых отцов, что если Господь дает молитву о ком то, то, следовательно, хочет его и помиловать.
Последние три года своей жизни отец Иероним сильно болел. Богослужения для него совершали в параклисе преподобного Сергия Радонежского близ его келлии, где он и причащался Святых Христовых Таин весьма часто. В собор он выходил только однажды в год – на Святую Пасху похристосоваться с братией, и то делал он это, поддерживаемый келейниками, с великим трудом.
В последнюю же в его земной жизни Пасху его приносили в Покровский собор на носилках. Однако, несмотря на тяжкие страдания, он не прекращал принимать исповедь у себя в келье и раздавать собственноручно милостыню приходящим сиромахам – беднякам. В том же году, на Покров Божией Матери, превозмогая болезнь, старец собрал последние силы и пришел с великим трудом в собор на Божественную Литургию, которую всю выстоял и причастился Святых Христовых Таин. Это было последнее его посещение Покровского собора, созданного и благолепно украшенного его трудами и попечением. С этого дня начинается отсчет последних дней его жизни.
13 ноября почти вся братия, предчувствуя скорое разлучение со своим любвеобильнейшим духовным отцом, устремилась к нему примирить свою совесть, попросить прощения за непослушание или неисправность в чем либо и попросить молиться об их спасении. Получив от него последнее благословение, все, от самого меньшего послушника до последнего иеромонаха, уходили от него со слезами на глазах. Прощаясь со своими чадами, отец Иероним говорил им: «Чада, молитесь обо мне, и я аще получу благодать и милость у Господа, то непрестанно буду молить Его о вас и вообще о всех духовных моих чадах и об обители, дабы Благодатью Божией избавиться нам вечных мук и получить вечная благая, идеже все святые пребывают. А обо мне не скорбите, ибо вместо меня остается отец Макарий. Господь умудрит его утешать, назидать и управлять вами. Почитайте его как старца, любите как отца и игумена, ибо он имеет благодать от Бога и чрез него вы получите спасение души».
14 ноября на предсмертное прощание приносили к великому старцу, отцу и ктитору икону Божией Матери Избавительницы и мощи святого великомученика Пантелеимона. Немного позднее из алтаря Покровского собора в сопровождении двух иеромонахов и пономаря со свечой вынесли Иерусалимскую икону Божией Матери. Некоторые из братии видели в это время, что на месте иконы, посреди иеромонахов, шла Сама Пресвятая Владычица благословить и напутствовать Своего верного служку в неизвестный еще ему, но блаженный путь, на который вступить предстояло ему сегодня и конец которого – горний Иерусалим, Царство Небесное, бесконечная жизнь и вечный покой. Предсмертные страдания его были неимоверно тяжелы. Старец вздыхал: «Вероятно, диавол выпросил у Бога такие мне болезни за мои грехи и за чужие, чтобы довести меня до ропота... Неизъяснимая болезнь... – говорил он. – Не знаю, как находятся те, кто при таких обстоятельствах не имеет руководства для себя ни из Священного Писания, ни из отеческих преданий... Господи, помилуй нас!»
В последний час своих страданий великий старец молился Господу со слезами: «Господи... помози мне, я от трудной телесной болезни изнемогаю, и силы мои душевные и телесные истощаются, и опасаюсь, дабы не возроптать на свою нестерпимую болезнь и не погрешить в этом пред Тобою, Создателем моим...»
В последнюю же минуту своей жизни великий духовный вождь и учитель, даже смертью своей назидающий братию, одержав последнюю в своей жизни и, быть может, самую великую победу над мучительницею плотию и человеконенавистником диаволом, произнес ясно и твердо великие и бессмертные слова, унесшие на воскрилиях своих душу его в вечность и запечатавшие прожитый на земле его век: «Слава Богу за все!» Сказав это, он медленно склонился на руку верного своего ученика игумена Макария и, несколько вздохнув, тихо и мирно преставился ко Пресвятой и Живоначальной Троице.